Panama er et transkontinentalt land, der dækker et areal på 75.417 kvadratkilometer. km (29.119 sq mi) fra Mellem- til Sydamerika.
Som det fremgår af det fysiske kort over Panama, er landets landskab domineret af skovklædte bjerge af vulkansk oprindelse, der strækker sig fra grænsen til Costa Rica til Colombia i Sydamerika. Betydningsfulde bjergkæder omfatter de langstrakte Centralbjerge samt San Blas, Talamanca og Tabasara.
Det højeste punkt i Panama er det 3.475 m høje Volcán Barú. En gul opretstående trekant markerer punktets placering på kortet.
Panamas sandstrandkyster går over i skovklædte lavlandsområder, der stiger op til foden af bjergkæderne i indlandet. Den østlige tredjedel af Panama (Darien-provinsen) er et tyndt befolket land med regnskove, floder og sumpede lavlandsområder, der er afgrænset af høje bjergtoppe. Darian Gap, der ligger ved grænsen til Colombia, er en ugæstfri, næsten ufremkommelig, tæt jungle.
Den nordlige kystlinje er omkranset af de hundredvis af små øer, der udgør øgrupperne Bocas del Torro og San Blas. Blandt de vigtige øer langs de sydlige kyststrækninger kan nævnes Pearl Islands (kendt fra Survivor), Taboga, Cebaco og Coiba. Hundredvis af floder dræner landet, for det meste små; de vigtigste af dem er Charges, Chepo, Chucunague, San Pablo, Santa Maria og Tuira.