Amygdalaen består af flere underkerner, der modtager input direkte eller indirekte fra alle sansesystemer. Vigtige gensidige forbindelser med insulaen er relevante for interoception og følelsesmæssig bevidsthed hos mennesket.
Lesionstudier viser, at amygdalaen tjener det klassiske paradigme for konditionering af frygt, hos dyr og mennesker. Moderne neurovidenskab lover en detaljeret forståelse af mekanismerne hos dyr. Hos mennesker er sjældne læsioner af amygdala forbundet med et tab af både den subjektive oplevelse af frygt og evnen til at registrere andres udtryk for frygt. Desuden er der en forringelse af den sociale kognition og beslutningstagning.
Hjernens billeddannelse hos mennesker har bekræftet, at frygt kan registreres subliminalt og uafhængigt af andre ikke-emotionelle signaler: et frygtsomt udtryk behandles således uafhængigt af ansigtsgenkendelse. Fremtrædende frygtsomme oplevelser i en psykiatrisk lidelse implicerer nødvendigvis amygdala. Lægemidler, der øger serotonin i hjernen, har tidlige virkninger ved at reducere neuronale reaktioner i amygdala.