Denne underafdeling af afsnittet “Funktion” indeholder oplysninger om cofaktorer. En cofaktor er ethvert ikke-proteinstof, der er nødvendigt for, at et protein kan være katalytisk aktivt. Nogle cofaktorer er uorganiske, f.eks. metalatomerne zink, jern og kobber i forskellige oxidationstilstande. Andre, som f.eks. de fleste vitaminer, er organiske.
Kofaktorer er generelt enten bundet tæt til aktive steder eller kan være løst bundet til enzymet. De kan også være vigtige for den strukturelle integritet, dvs. hvis de ikke er til stede, foldes enzymet ikke korrekt eller bliver ustabilt.
Underafsnittet “Cofaktor” anvendes, når ioner og andre små ligander binder sig til enzymet. Disse cofaktor-molekyler er kortlagt til ChEBI-identifikatorer. I tilfælde af multimere kan cofaktorer være bundet enten til kun én underenhed af enzymet eller til grænsefladen. I førstnævnte tilfælde er kofaktoren kun annoteret for den underenhed, som den binder sig til.
Substrater til en reaktion (NAD, FAD, ATP), der er opført i underafsnittet Katalytisk aktivitet, er ikke opført som kofaktorer, med undtagelse af de sjældne tilfælde, hvor et enzym binder den samme type molekyle som substrat på ét sted og som kofaktor på andre steder.
Følgende stoffer betragtes ikke som kofaktorer:
– Ubiquitære stoffer som f.eks. vand betragtes ikke som kofaktorer
– Ioner, der er en del af velbeskrevne metalbindingsdomæner, f.eks. EF-hands.
Når alternative molekyler kan fungere som kofaktorer på samme sted, er de opført i én annotationsblok “Cofactor”. Kun molekyler, der muliggør mere end 50 % af den maksimale aktivitet, nævnes, mens andre kan nævnes i “Note”-feltet.
Eksempler: P00918, G3XD94
Når den præcise støkiometri for en kofaktor er kendt, angives dette i feltet “Note”. I sådanne tilfælde oprettes der kun én annotationsblok “Cofactor”.
Eksempel: Når et enzym binder kemisk forskellige kofaktorer på forskellige steder, oprettes der én “Cofactor”-annotationsblok for hvert sted.
Eksempel: Q90240
Når et enzym binder en cofaktor via en kovalent binding, er forbindelsens navn angivet under “Cofactor”, mens navnet på modifikationen er beskrevet under Post-translational modifications (Modified residue).
Eksempler: P38289
Eksempel: Et enzym binder en cofaktor via en kovalent binding, er navnet på forbindelsen angivet under “Cofactor”, mens navnet på modifikationen er beskrevet under Post-translational modifications (Modified residue): P9WP55, B3QM53
Hvis der er isoformspecifikke eller kædespecifikke kofaktoroplysninger, vil der være separate annotationsblokke “Cofactor” for hver isoform eller kæde.
Eksempler: O15304, P26662
Hvis det er bevist, at en cofaktor ikke er nødvendig for aktiviteten, eller hvis den er for kompleks til at blive beskrevet med ChEBI, er det muligt at have en “Cofactor”-annotationsblok, der kun består af en “Note”.
Eksempler: A9CEQ7, Q9F1R6