Det begyndte sin virksomhed i 1901 som et tørdok og fortsatte som en flådefacilitet indtil 1996, hvor det indstillede sine aktiviteter som følge af anbefalinger fra 1993 Base Realignment and Closure Commission (Kommissionen for omlægning og lukning af baser). På det tidspunkt blev det udlejet til Detyens Shipyards, Inc.
Originalt betegnet som Navy Yard og senere som Naval Base havde det en stor betydning for lokalsamfundet, tri-county-området og hele staten South Carolina.
Værftet producerede først destroyeren USS Tillman (DD-135), hvorefter det begyndte at øge produktionen i 1930’erne. I alt 21 destroyere blev samlet på flådeværftet.
I 1931 leverede Ellicott Dredges den 20-tommers kutterudder Orion, som stadig var i drift på det gamle Charleston Naval Shipyard.
To af de største skibe, der nogensinde blev bygget på værftet, var to destroyertendere, USS Tidewater (AD-31) og USS Bryce Canyon (AD-36). Kølene på disse skibe blev lagt i henholdsvis november 1944 og juli 1945. Den højeste beskæftigelse på 25.948 blev nået i juli 1943.
Efter krigen var værftet ansvarlig for reparationer og ombygninger af tilfangetagne tyske ubåde. I april 1948 fortalte flådeminister John L. Sullivan Charlestons repræsentant Rivers og senator Burnet R. Maybank, at flåden planlagde, at CNSY skulle blive et ubådsrevisionsværft, og at den ville anmode om en første bevilling til en batteriopladningsenhed.
Den første ubåd, USS Conger (SS-477), ankom til eftersyn i august 1948. Værftet forventede at renovere omkring 132 skibe i løbet af året, og arbejdsstyrken havde stabiliseret sig til næsten 5.000 personer.
Nordkoreas invasion af Sydkorea i juni 1950 øgede produktionen endnu en gang. I 1951 var skibsværftet tilbage på over 8.000 ansatte. I alt aktiverede værftet 44 fartøjer og ombyggede 27 til aktiv flådetjeneste under Koreakrigen.
Undervandsbåde blev fortsat bygget ind i 1960’erne sammen med missiler, og der fandt revisioner af atomubåde sted, herunder USS Scorpion (SSN-589) i 1962. I 1966 afsluttede værftet den første optankning af en atomubåd, USS Skipjack (SSN-585), og påbegyndte den første overhaling af en flådeubåd med ballistiske missiler (FBM), USS Thomas A. Edison (SSBN-610). Arbejdet med at uddybe Dry Dock No. 2 begyndte, så det kunne håndtere de massive FBM-ubåde og destroyere udstyret med sonar.”
Anlægget forblev et vigtigt anlæg under hele den kolde krig som hjemhavn for adskillige krydsere, destroyere, angrebsubåde, FBM-ubåde, destroyertendere og ubådstendere fra den amerikanske atlanterhavsflåde, indtil det blev lukket i 1990’erne som følge af afslutningen af den kolde krig og efterfølgende BRAC-kommissionens tiltag.