Initiering
Eukaryote DNA er bundet til proteiner, kendt som histoner, for at danne strukturer kaldet nukleosomer. Under initieringen gøres DNA’et tilgængeligt for de proteiner og enzymer, der er involveret i replikationsprocessen. Der er specifikke kromosomale steder, der kaldes replikationsoprindelser, hvor replikationen begynder. I nogle eukaryoter, som f.eks. gær, er disse steder defineret ved at have en specifik sekvens af basepar, som replikationsinitieringsproteinerne binder sig til. Hos andre eukaryoter, som f.eks. mennesker, synes der ikke at være nogen konsensussekvens for deres replikationsoprindelsessteder. I stedet kan replikationsinitieringsproteinerne måske identificere og binde sig til specifikke modifikationer af nukleosomerne i oprindelsesregionen.
Visse proteiner genkender og binder sig til replikationsoprindelsen og tillader derefter de andre proteiner, der er nødvendige for DNA-replikation, at binde sig til samme region. De første proteiner, der binder DNA’et, siges at “rekruttere” de andre proteiner. To kopier af et enzym kaldet helicase er blandt de proteiner, der rekrutteres til originet. Hver helicase afvikler og adskiller DNA-helixen til enkeltstrenget DNA. Når DNA’et åbnes op, dannes der Y-formede strukturer, der kaldes replikationsgafler. Fordi to helicaser binder sig, dannes der to replikationsgafler ved replikationsoprindelsen; disse forlænges i begge retninger, efterhånden som replikationen skrider frem, hvorved der dannes en replikationsboble. Der er flere replikationsoprindelser på det eukaryote kromosom, hvilket gør det muligt for replikation at finde sted samtidig på hundredvis til tusindvis af steder langs hvert kromosom.
