Separatist, även kallad Independent, någon av de engelska protestanter under 1500- och 1600-talen som ville separera sig från den engelska kyrkans upplevda korruption och bilda oberoende lokala kyrkor. Separatisterna hade störst politiskt inflytande i England under tiden för samväldet (1649-60) under lordprotektorn Oliver Cromwell, som själv var separatist. Därefter överlevde de repressionen och blev gradvis en viktig religiös minoritet i England.
En grundläggande tro hos Separatisterna var idén om den ”samlade kyrkan” som grundades av den helige Ande, inte av människan eller staten. Separatisterna trodde att sanna kristna troende borde söka upp andra kristna och tillsammans bilda sina kyrkor och betonade varje församlings rätt och ansvar att bestämma över sina egna angelägenheter, utan att behöva överlämna dessa beslut till någon högre mänsklig auktoritet. Denna föreställning stod i kontrast till Engelska kyrkans territoriella grund, där alla i ett visst område tilldelades församlingskyrkan, och varje lokal församling underkastade sig den större kyrkliga hierarkins tillsyn.
Den separatistiska rörelsen var till en början olaglig i England, och många av dess anhängare förföljdes av staten och dess kyrka. Ofta stämplades de som förrädare och många separatister flydde England till mer toleranta länder. En sådan grupp lämnade England för Holland 1608, och 1620 slog sig några av dem, pilgrimerna, ner i Plymouth, Massachusetts. Separatisterna från Plymouth samarbetade med puritanerna som bosatte sig i Massachusetts Bay-kolonin 1630. Även om puritanerna ursprungligen hade hoppats på att rena och reformera den engelska kyrkan, accepterade de i New England den församlingsform för kyrkans styrning som pilgrimerna hade etablerat. Separatisternas och puritanernas kyrkor blev således kongregationalistiska kyrkor i USA.