Med en yta på drygt 77 000 kvadratkilometer ligger South Dakota i den största tredjedelen av delstaterna när det gäller storlek i förhållande till landareal. I denna glesbefolkade delstat bor det endast cirka 10 personer per kvadratmil, vilket ger en brist på naturliga landskap och vild terräng. South Dakotas topografi varierar kraftigt, från mjukt böljande slätter till djupa floddalar, karga kullar och skogbevuxna berg, vilket ger besökarna möjlighet att utforska ganska varierande landskap.
Great Plains
Nordamerikas vidsträckta Great Plains sträcker sig i öst-västlig riktning från Appalacherna till Klippiga bergen, och i syd-nordlig riktning från Mexiko till Arktis, och täcker delar av tio stater och tre kanadensiska provinser. De stora slätterna är tekniskt sett en platå, en upphöjd, men mestadels platt landform. Dessa halvtorra gräsmarker täcker nästan tre fjärdedelar av South Dakota och bryter ut i buttes – branta, platttoppade kullar – i vissa områden, särskilt mot den västra delen av delstaten.
Floddalar
I den yttersta nordöstra delen av delstaten utgör Red River South Dakotas gräns mot Minnesota. Marken intill denna flod ligger på cirka 1 000 fot, en lägre höjd än den omgivande platån på de stora slätterna. Den söderut strömmande James River skär genom hjärtat av östra South Dakota, och den bördiga dalen som flankerar dess stränder gör detta smala band av land till det mest produktiva jordbruksområdet i delstaten. Höjden varierar mellan 1 300 och 1 400 fot, vilket är högre än Red River-dalen, men fortfarande lägre än de omgivande Great Plains. Den dal som Missourifloden skär in i är extremt smal, eftersom den bara är en mil bred, och är därför känd som Missouriflodens dike. Bluffar reser sig skarpt uppåt 300 till 600 fot längs kanterna av denna ränna.
The Badlands
En rad buttes och kupolliknande, böljande kullar, kända som Badlands, täcker 2 000 kvadratkilometer längs den västra kanten av de stora slätterna i South Dakota. Mycket lite växtlighet växer i detta karga och karga landskap. En gång i tiden var Badlands hemvist för exotiska djurarter som kameler och sabeltandade tigrar, men stora delar av Badlands är nu en del av den skyddade Badlands National Park.
Black Hills
Väster om Badlands sträcker sig Black Hills över gränsen till Wyoming. Till skillnad från Badlands täcker dock skogar dessa kupolformade berg, som utgör Black Hills National Forest. Det berömda Mt Rushmore är hugget i en av deras klippiga uddar. Nära mitten av bergskedjan reser sig Harney Peak till 7 242 fot – inte bara den högsta punkten i South Dakota, utan också den högsta punkten i USA öster om Rocky Mountains.