Detta underavsnitt av avsnittet ”Funktion” innehåller information om kofaktorer. En kofaktor är varje icke-proteinsubstans som krävs för att ett protein ska vara katalytiskt aktivt. Vissa kofaktorer är oorganiska, till exempel metallatomerna zink, järn och koppar i olika oxidationstillstånd. Andra, t.ex. de flesta vitaminer, är organiska.
Kofaktorer är i allmänhet antingen fast bundna till aktiva platser eller kan binda löst till enzymet. De kan också vara viktiga för den strukturella integriteten, dvs. om de saknas viker sig inte enzymet ordentligt eller blir instabilt.
Underavsnittet ”Kofaktor” används när joner och andra små ligander binder till enzymet. Dessa kofaktormolekyler mappas till ChEBI-identifierare. När det gäller multimerer kan kofaktorer vara bundna antingen till endast en av enzymets underenheter eller till gränssnittet. I det förstnämnda fallet är kofaktorn endast annoterad för den underenhet som den binds till.
Substrat för en reaktion (NAD, FAD, ATP) som förtecknas i underavsnittet Katalytisk aktivitet förtecknas inte som kofaktorer, med undantag för de sällsynta fall där ett enzym binder samma typ av molekyl som substrat på en plats och som kofaktor på andra platser.
Följande ämnen betraktas inte som kofaktorer:
– Allmängiltiga ämnen som vatten betraktas inte som kofaktorer
– Ioner som ingår i väl beskrivna metallbindningsdomäner, t.ex. EF-handar.
När alternativa molekyler kan fungera som kofaktorer på samma plats förtecknas de i ett annotationsblock ”Cofactor”. Endast molekyler som möjliggör mer än 50 % av den maximala aktiviteten nämns, medan andra kan nämnas i fältet ”Note”.
Exempel: P00918, G3XD94
När den exakta stökiometrin för en kofaktor är känd anges detta i fältet ”Note”. I sådana fall skapas endast ett annotationsblock ”Cofactor”.
Exempel: När ett enzym binder kemiskt olika kofaktorer på olika platser finns det ett ”Cofactor”-annotationsblock för varje plats.
Exempel: I detta fält anges den kemiska kofaktorsammansättningen för varje plats: När ett enzym binder en kofaktor via en kovalent bindning anges namnet på föreningen under ”Cofactor”, medan namnet på modifieringen beskrivs under Post-translational modifications (Modified residue).
Exempel: P38289
När ett enzym binder en kofaktor via en kovalent bindning anges namnet på föreningen under ”Cofactor”, medan namnet på modifieringen beskrivs under Post-translational modifications (Modified residue): Om det finns kofaktorinformation som är specifik för en isoform eller kedja, kommer det att finnas separata ”Cofactor”-annotationsblock för varje isoform eller kedja.
Exempel: Namn på kofaktor: P9WP55, B3QM53
Om det finns kofaktorinformation som är specifik för en isoform eller kedja, kommer det att finnas separata ”Cofactor”-annotationsblock för varje isoform eller kedja: O15304, P26662
Om det är bevisat att en kofaktor inte behövs för aktiviteten, eller om den är för komplex för att beskrivas med ChEBI, är det möjligt att ha ett annotationsblock ”Cofactor” som endast består av en ”Note”.
Exempel: EXEMPEL: A9CEQ7, Q9F1R6