Panama är ett transkontinentalt land med en yta på 75 417 kvadratmeter. km (29 119 sq mi) från Central- till Sydamerika.
Som framgår av den fysiska kartan över Panama domineras landets landskap av skogbevuxna berg av vulkaniskt ursprung som sträcker sig från Costa Ricas gräns till Colombia i Sydamerika. Viktiga bergskedjor är bland annat de långsträckta centrala bergen samt San Blas, Talamanca och Tabasara.
Panamas högsta punkt är den 3 475 meter höga Volcán Barú. En gul upprättstående triangel markerar punktens position på kartan.
Panamas sandstrandskuster övergår i skogbevuxna låglandsområden som höjer sig till utlöpare av bergskedjorna i inlandet. Den östra tredjedelen av Panama (Darienprovinsen) är ett glest befolkat land med regnskogar, floder och sumpiga låglandsområden som kantas av höga bergstoppar. Darian Gap, som ligger vid gränsen till Colombia, är en ogästvänlig, nästan oöverstiglig tjock djungel.
Den norra kusten är omgiven av hundratals små öar som bildar skärgårdarna Bocas del Torro och San Blas. Viktiga öar längs den södra kusten är bland annat Pearl Islands (från Survivor), Taboga, Cebaco och Coiba. Hundratals floder avvattnar landet, mestadels små; viktiga floder är Charges, Chepo, Chucunague, San Pablo, Santa Maria och Tuira.