Invazia franceză a Spaniei în 1808 a provocat o explozie de loialitate față de rege și țară și a stârnit o mare îngrijorare pentru biserică. Anxietatea profundă a Granadinei cu privire la soarta imperiului și acțiunile conflictuale încercate de subiecții coloniali și peninsulari cu privire la controlul guvernului în timpul captivității regelui spaniol Ferdinand al VII-lea au dus la conflicte în Noua Granadă și la declarații de independență. În 1810, jurisdicțiile subordonate din Noua Granadă și-au alungat funcționarii spanioli, cu excepția celor din Santa Marta, Ríohacha și din ceea ce astăzi sunt Panama și Ecuador. Revolta de la Bogota din 20 iulie 1810 este comemorată ca Ziua Independenței în Columbia, deși aceste noi guverne au jurat credință lui Ferdinand al VII-lea și nu au început să își declare independența până în 1811. Idealiștii și liderii provinciali ambițioși doreau o federație. Liderii creoli au căutat să centralizeze autoritatea asupra noilor guverne. A urmat o serie de războaie civile, care au facilitat reconquista spaniolă a Provinciilor Unite ale Noii Granade între 1814 și 1816. O rămășiță a forțelor republicane a fugit în llanurile din Casanare, unde s-au reorganizat sub comanda lui Francisco de Paula Santander, un general columbian care a rămas o figură proeminentă în politica granadină până la moartea sa în 1840.
Toată loialitatea rămasă față de coroană a fost înstrăinată de comportamentul arbitrar punitiv al trupelor europene și al partizanilor, ale căror acțiuni au dat valabilitate atacului asupra civilizației spaniole care a început la sfârșitul anului 1810 și a continuat până în secolul al XIX-lea. Forțele rebele din Casanare s-au alăturat celor ale lui Simón Bolívar în bazinul Orinoco din Venezuela. Până în 1819, aranjamentele pentru un guvern regulat au fost finalizate, iar o convenție constituțională s-a reunit la Angostura (în prezent Ciudad Bolívar, Venezuela) cu delegați din Casanare și din unele provincii venezuelene. În același an, Bolívar a invadat Columbia și a învins decisiv forțele spaniole la 7 august, la Boyacá. Au urmat bătălia decisivă de la Carabobo, Venezuela, în 1821, și cea de la Pichincha, Ecuador, în 1822. Operațiunile de mucenicie au fost finalizate în 1823, în timp ce Bolívar și-a condus forțele în Peru.
Congresul de la Angostura a pus bazele formării Republicii Columbia (1819-30), care a fost în general cunoscută sub numele de Gran Colombia, deoarece includea ceea ce sunt acum țările separate Columbia, Panama, Venezuela și Ecuador. Republica a fost organizată definitiv prin Congresul de la Cúcuta din 1821. Înainte de această dată, guvernul era puternic militar și organizat ierarhic, cu vicepreședinți regionali care exercitau direct puterea în timp ce președintele său, Bolívar, se afla în campanie. Organizată ca un guvern reprezentativ centralizat, republica l-a păstrat pe Bolívar ca președinte și pe președintele interimar Santander ca vicepreședinte.
Gran Columbia a avut o existență scurtă și virilă în timpul războiului. Ulterior, rivalitatea civilă și militară pentru funcții publice și geloziile regionale au dus în 1826 la o rebeliune în Venezuela condusă de generalul José Antonio Páez. Bolívar s-a întors din Peru pentru a restabili unitatea, dar a obținut doar recunoașterea autorității sale personale. Pe măsură ce nemulțumirea se răspândea, a devenit clar că niciun grup nu iubea suficient de mult republica pentru a lupta pentru existența ei. Până în 1829, Bolívar a împărțit țara în patru jurisdicții sub conducerea unor generali venezueleni care dețineau autoritate civilă și militară. Între timp, convenția de la Ocaña nu reușise să reorganizeze republica, iar scurta dictatură a lui Bolívar (1828-30) nu a avut un succes mai bun. Bolívar a convocat apoi Convenția din 1830, care a produs o constituție onorată doar în Noua Granada (denumire care se referea atunci doar la Columbia, cu Istmul Panama). În timpul acestei convenții, Bolívar a demisionat și a plecat pe coasta de nord, unde a murit lângă Santa Marta la 17 decembrie 1830. Până în acel moment, Venezuela și Ecuador s-au separat de Gran Colombia. Noua Granadă, o țară cu 1,5 milioane de locuitori în 1835, a fost lăsată pe cont propriu.
Robert Louis Gilmore