În ciuda demilitarizării orașului vechi la începutul anilor 1970, în încercarea de a preveni ca acesta să devină vreodată o victimă a războiului, după independența Croației în 1991, Armata Populară Iugoslavă (JNA) a Iugoslaviei, pe atunci compusă în principal din sârbi, a atacat orașul. Noul guvern croat a înființat un avanpost militar chiar în oraș. Muntenegru, condus de președintele Momir Bulatović, și de prim-ministrul Milo Đukanović, venit la putere în cadrul Revoluției antiburocratice și aliat cu Slobodan Milošević în Serbia, au declarat că Dubrovnik nu ar trebui să rămână în Croația, deoarece susțineau că, din punct de vedere istoric, nu a făcut niciodată parte dintr-o Croație independentă, ci mai degrabă s-a aliniat mai degrabă istoric cu istoria de coastă a Muntenegrului. Oricum ar fi, la acea vreme, majoritatea locuitorilor din Dubrovnik ajunseseră să se identifice ca fiind croați, sârbii care se autoidentificau reprezentând 6,8 la sută din populație.
La 1 octombrie 1991, Dubrovnik a fost atacat de JNA cu un asediu al Dubrovnikului care a durat șapte luni. Cel mai puternic atac de artilerie a avut loc pe 6 decembrie, soldat cu 19 morți și 60 de răniți. Numărul victimelor conflictului, potrivit Crucii Roșii croate, a fost de 114 civili uciși, printre care și poetul Milan Milišić. Ziarele străine au fost criticate pentru că au acordat o atenție mai mare pagubelor suferite de orașul vechi decât victimelor umane. Cu toate acestea, atacurile de artilerie asupra Dubrovnikului au avariat într-o oarecare măsură 56% din clădirile sale, întrucât orașul istoric cu ziduri, inclus în patrimoniul mondial UNESCO, a suferit 650 de lovituri de artilerie. Armata croată a ridicat asediul în mai 1992 și a eliberat împrejurimile Dubrovnikului până la sfârșitul lunii octombrie, dar pericolul atacurilor bruște ale JNA a mai durat încă trei ani.
După încheierea războiului, daunele provocate de bombardamentele asupra orașului vechi au fost reparate. Respectând orientările UNESCO, reparațiile au fost efectuate în stilul original. Cea mai mare parte a lucrărilor de reconstrucție a fost realizată între 1995 și 1999. Daunele provocate pot fi văzute pe o hartă din apropierea porții orașului, care arată toate loviturile de artilerie din timpul asediului, și sunt clar vizibile din punctele înalte din jurul orașului sub forma acoperișurilor noi, mai viu colorate.
Tribunalul Penal Internațional pentru fosta Iugoslavie (TPIY) a emis acuzații pentru generalii și ofițerii JNA implicați în bombardament. Generalul Pavle Strugar, care a coordonat atacul asupra orașului, a fost condamnat la o pedeapsă de șapte ani și jumătate de închisoare de către tribunal pentru rolul său în atac.
În 1996, în Croația, prăbușirea avionului USAF CT-43, în apropiere de aeroportul din Dubrovnik, a ucis toate persoanele aflate la bordul unui avion al Forțelor Aeriene ale Statelor Unite, inclusiv secretarul american al comerțului Ron Brown, șeful biroului din Frankfurt al New York Times, Nathaniel C. Nash, și alte 33 de persoane.
.