Această subsecțiune a secțiunii „Funcție” oferă informații relevante pentru cofactori. Un cofactor este orice substanță neproteică necesară pentru ca o proteină să fie activă din punct de vedere catalitic. Unii cofactori sunt anorganici, cum ar fi atomii de metal zinc, fier și cupru în diferite stări de oxidare. Alții, cum ar fi majoritatea vitaminelor, sunt organici.
În general, cofactori sunt fie legați strâns de situsurile active, fie se pot lega liber de enzimă. Ei pot fi, de asemenea, importanți pentru integritatea structurală, adică dacă nu sunt prezenți, enzima nu se pliază corect sau devine instabilă.
Subsecțiunea „Cofactor” este utilizată atunci când ionii și alți liganzi mici se leagă de enzimă. Aceste molecule de cofactor sunt cartografiate cu identificatori ChEBI. În cazul multimerilor, cofactorii pot fi legați fie la o singură subunitate a enzimei, fie la interfață. În primul caz, cofactorul este adnotat numai pentru subunitatea de care se leagă.
Substanții pentru o reacție (NAD, FAD, ATP) care sunt enumerați în subsecțiunea „Catalytic activity” nu sunt enumerați ca și cofactori, cu excepția cazurilor rare în care o enzimă leagă același tip de moleculă ca substrat la un loc și ca și cofactor la alte locuri.
Următoarele substanțe nu sunt considerate cofactori:
– Substanțele omniprezente, cum ar fi apa, nu sunt considerate cofactori
– Ioni care fac parte din domenii de legare a metalelor bine descrise, cum ar fi EF-hands.
Când molecule alternative pot acționa ca și cofactori în același sit, acestea sunt enumerate într-un singur bloc de adnotare „Cofactor”. Doar moleculele care permit mai mult de 50% din activitatea maximă sunt menționate, în timp ce altele pot fi menționate în câmpul „Note”.
Exemple: P00918, G3XD94
Când este cunoscută stoichiometria precisă a unui cofactor, aceasta este indicată în câmpul „Note”. În astfel de cazuri, se creează doar un singur bloc de adnotare „Cofactor”.
Exemplu: Q90240
Când o enzimă leagă cofactori diferiți din punct de vedere chimic în situsuri diferite, se creează un bloc de adnotare „Cofactor” pentru fiecare situs.
Exemplu: P38289
Când o enzimă leagă un cofactor prin intermediul unei legături covalente, numele compusului este indicat la rubrica „Cofactor”, în timp ce numele modificării este descris la rubrica Modificări post-translaționale (Reziduu modificat).
Exemple: P9WP55, B3QM53
În cazul în care există informații despre cofactor specifice izoformei sau lanțului, vor exista blocuri de adnotare „Cofactor” separate pentru fiecare izoformă sau lanț.
Exemple: O15304, P26662
În cazul în care se dovedește că un cofactor nu este necesar pentru activitate sau este prea complex pentru a fi descris cu ChEBI, este posibil să existe un bloc de adnotare „Cofactor” care constă doar într-o „Notă”.
Exemple: A9CEQ7, Q9F1R6
.