IcosaedricăEdit
Structura icosaedrică este extrem de comună în rândul virusurilor. Icozaedrul este format din 20 de fețe triunghiulare delimitate de 12 vârfuri de cinci ori și este format din 60 de unități asimetrice. Astfel, un virus icosaedric este alcătuit din 60N subunități proteice. Numărul și dispunerea capsomerelor dintr-un capsid icosaedric pot fi clasificate cu ajutorul „principiului cvasiechivalenței” propus de Donald Caspar și Aaron Klug. La fel ca poliedrele Goldberg, o structură icosaedrică poate fi considerată ca fiind construită din pentamere și hexammere. Structurile pot fi indexate prin două numere întregi h și k, cu h ≥ 1 {\displaystyle h\geq 1}.
și k ≥ 0 {\displaystyle k\geq 0}
; structura poate fi privită ca și cum ar face h pași de la marginea unui pentamer, întorcându-se cu 60 de grade în sens invers acelor de ceasornic, apoi făcând k pași pentru a ajunge la următorul pentamer. Numărul de triangulație T pentru capsidă se definește astfel: T = h 2 + h ⋅ k + k 2 {\displaystyle T=h^{2}+h\cdot k+k^{2}}}.
În această schemă, capsidele icosaedrice conțin 12 pentameri plus 10(T – 1) hexameri. Numărul T este reprezentativ pentru dimensiunea și complexitatea capsidelor. Exemple geometrice pentru multe valori ale lui h, k și T pot fi găsite la Lista poliedrelor geodezice și a poliedrelor Goldberg.
Există multe excepții de la această regulă: De exemplu, poliomavirusurile și papilomavirusurile au pentameri în loc de hexameri în pozițiile hexavalente pe o rețea cvasi-T=7. Membrii liniei de virusuri cu ARN dublu catenar, inclusiv reovirus, rotavirus și bacteriofagul φ6, au capside construite din 120 de copii ale proteinei capside, ceea ce corespunde unei capside „T=2” sau, probabil, unei capside T=1 cu un dimer în unitatea asimetrică. În mod similar, multe virusuri mici au un capsid pseudo-T=3 (sau P=3), care este organizat în conformitate cu o rețea T=3, dar cu polipeptide distincte care ocupă cele trei poziții cvasi-echivalente
Numerele T pot fi reprezentate în moduri diferite, de exemplu, T = 1 poate fi reprezentat doar ca un icosaedru sau un dodecaedru și, în funcție de tipul de cvasisimetrie, T = 3 poate fi prezentat ca un dodecaedru trunchiat, un icosidodecaedru sau un icosaedru trunchiat și dublurile lor respective un triakis icosaedru, un triacontaedru rombic sau un pentakis dodecaedru.
ProlateEdit
Un icosaedru alungit este o formă obișnuită pentru capetele bacteriofagilor. O astfel de structură este compusă dintr-un cilindru cu un capac la fiecare capăt. Cilindrul este compus din 10 fețe triunghiulare alungite. Numărul Q (sau Tmid), care poate fi orice număr întreg pozitiv, specifică numărul de triunghiuri, compuse din subunități asimetrice, care alcătuiesc cele 10 triunghiuri ale cilindrului. Capacele sunt clasificate prin numărul T (sau Tend).
Bacteria E. coli este gazda bacteriofagului T4, care are o structură prolatată a capului. Proteina gp31 codificată de bacteriofag pare a fi omologă din punct de vedere funcțional cu proteina chaparonei GroES din E. coli și capabilă să o înlocuiască în asamblarea virionilor bacteriofagului T4 în timpul infecției. La fel ca GroES, gp31 formează un complex stabil cu chaperonina GroEL, care este absolut necesară pentru plierea și asamblarea in vivo a proteinei majore de capsidă gp23 a bacteriofagului T4.
HelicalEdit
Mulți viruși vegetali în formă de tijă și filamentoși au capside cu simetrie elicoidală. Structura elicoidală poate fi descrisă ca un set de n elice moleculare 1-D legate între ele printr-o simetrie axială de n ori. Transformările elicoidale sunt clasificate în două categorii: sisteme elicoidale unidimensionale și sisteme elicoidale bidimensionale. Crearea unei structuri elicoidale întregi se bazează pe un set de matrici de translație și rotație care sunt codificate în banca de date a proteinelor. Simetria elicoidală este dată de formula P = μ x ρ, unde μ este numărul de unități structurale pe tur de elice, ρ este creșterea axială pe unitate și P este pasul elicei. Se spune că structura este deschisă datorită caracteristicii că orice volum poate fi închis prin variația lungimii spiralei. Cel mai bine cunoscut virus elicoidal este virusul mozaicului tutunului. Acest virus este o singură moleculă de ARN (+). Fiecare proteină de acoperire din interiorul elicei se leagă de trei nucleotide ale genomului ARN. Virușii gripei A diferă prin faptul că cuprind mai multe ribonucleoproteine, proteina NP virală organizează ARN-ul într-o structură elicoidală. Dimensiunea este, de asemenea, diferită; virusul mozaicului tutunului are 16,33 subunități proteice pe tur de elice, în timp ce virusul gripal A are o buclă de coadă de 28 de aminoacizi.
.