Skład społeczności różni się drastycznie w obrębie rafy koralowej z powodu zmieniających się czynników środowiskowych, takich jak batymetria, głębokość, działanie fal, siła prądów, penetracja światła, zakres temperatur i zmętnienie (Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Schwartz 2006). W rezultacie, rafy koralowe dzielą się na różne strefy, które różnią się w zależności od typu rafy (Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Schwartz 2006). Rafy obrzeżone mają trzy strefy zwane płaską rafą, grzbietem rafy i czołem/skarpą rafy lub rafą przednią (Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001;Schwartz 2006; Heemsoth 2014).Oprócz tych stref, rafy barierowe i atole mają lagunę, która oddziela rafę tylną od linii brzegowej (Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Schwartz 2006; Heemsoth 2014)
Laguna i strefy rafy tylnej
Jeśli ktoś miałby pokonać drogę przez rafę barierową, zaczynając od linii brzegowej i kierując się w stronę otwartego oceanu, najpierw napotkałby lagunę, która opada w górę do strefy rafy tylnej((Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).Skład gatunków występujących w lagunie może się znacznie różnić między rafami koralowymi ze względu na różne warunki środowiskowe (Lalli i Parsons1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).Na przykład płytkie laguny, które są półzamknięte, mogą charakteryzować się ekstremalnymi wahaniami temperatury oraz wyższym poziomem sedymentacji i depozycji składników odżywczych (Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). I odwrotnie, laguny mogą mieć warunki środowiskowe, które ułatwiają wzrost i przetrwanie koralowców, takie jak czysta, spokojna woda (Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). Zbiorowiska trawy morskiej są również powszechnie obserwowane w lagunach (Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).Strefa rafy tylnej znajduje się pomiędzy laguną a grzebieniem rafy koralowej.Warunki środowiskowe rafy tylnej są podobne do tych występujących w lagunie i różnią się pomiędzy rafami koralowymi (Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).
Płaska rafa
W rafie z obrzeżami, strefa płaskiej rafy rozciąga się bezpośrednio od linii brzegowej i jest pierwszą strefą napotkaną, jeśli ktoś miałby zrobić sobie drogę przez rafę koralową. W systemach raf barierowych strefa ta znajduje się po stronie oceanu w strefie rafy tylnej. W obu systemach rafowych, płaska rafa charakteryzuje się ekstremalnymi warunkami środowiskowymi, takimi jak płytkie głębokości, znaczne wahania temperatury, słaba cyrkulacja wody, a w niektórych przypadkach ekspozycja na powietrze podczas niskich pływów (Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).Podstawa płaskiej rafy składa się z materiału szkieletowego koralowców, gruzu koralowego i piasku, który może być skolonizowany przez gatunki glonów i traw morskich (Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). Strefa ta zapewnia stałe siedliska dla wielu gatunków bezkręgowców, a w czasie odpływu wiele innych organizmów migruje na płaską rafę w poszukiwaniu pokarmu (Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).
Grzebień rafy
Strefa grzebienia rafy znajduje się po oceanicznej stronie płaskiej rafy i charakteryzuje się stałym działaniem fal i sporadycznym wystawieniem na działanie powietrza (Lalliand Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). Ponieważ grzbiet rafy znajduje się na większej głębokości niż strefa płaskiej rafy, cyrkulacja wody jest bardziej stała, a wahania temperatury są mniej ekstremalne niż w przypadku tej ostatniej (Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).Niektóre gatunki rozgałęzionych koralowców, takich jak Acropora palmata (elkhorn coral) dominują w tej części rafy koralowej (Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). Korale te tworzą rozległe pola w tej strefie zapewniając siedliska dla wielu gatunków ryb rafowych i bezkręgowców (Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014)
The Reef Front or Slop
Past the reef crest is the reef front or slope (Lalli and Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).Obszar ten charakteryzuje się wyższym poziomem różnorodności gatunkowej i obfitości niż jakakolwiek inna strefa na rafie koralowej (Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).W obrębie czoła rafy lub stoku warunki środowiskowe zmieniają się zasadniczo wraz z głębokością(Lalli i Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). W najpłytszych częściach czoła rafy, gdzie działanie fal może być ekstremalne, warunki są podobne do tych panujących na czole rafy i dominują korale rozgałęzione, takie jak Acropora palmatadominate (Hubbard 1988; Jackson 1992; Aronson i Precht 2001; Pandolfi i Jackson 2006; Bellwood i Hughes 2006). Jednak w głębszych wodach, gdzie warunki środowiskowe są bardziej stabilne, rozkwitają zróżnicowane zbiorowiska koralowców (Lalli iParsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).
.