Zajmujący powierzchnię 180 560 km kw. km, stan Missouri znajduje się w centralnej lub Midwest regionu Stanów Zjednoczonych.
Dzięki swojej lokalizacji na wschodnich obrzeżach Wielkich Równin Ameryki Północnej, większość Missouri jest żyzne prerie ziemi podzielone przez rzeki i strumienie. Położona na południe od rzeki Missouri w zachodnio-środkowej części Missouri Równina Osage rozciąga się na granicach z Kansas, Iowa i Nebraską. Równiny Osage to mieszane prerie wysokotrawiaste, a także rozproszone tereny leśne.
Jak widać na mapie, Płaskowyż Ozark (obejmujący również części Arkansas, Illinois, Kansas i Oklahomy) zajmuje większą część krajobrazu w południowych obszarach Missouri. Plateau to piękny obszar silnie zalesionych wzgórz i niskich gór, a także jaskiń, jezior i rzek.
W południowo-wschodniej części Missouri, stoi St Francois Góry, które zawiera najwyższy punkt w ramach stanu. Wskazany na mapie przez pionowy żółty trójkąt, Taum Sauk Mountain wznosi się na wysokość 1,772ft (540m). Najniższy punkt Missouri, oznaczony na mapie odwróconym żółtym trójkątem, znajduje się wzdłuż rzeki St. Francis w regionie „Boot Heel” na wysokości 230 stóp; na południowo-wschodniej granicy z Arkansas.
Dwie z najważniejszych rzek Ameryki przepływają przez stan Missouri – rzeka Missisipi, która tworzy całą wschodnią granicę stanu, oraz rzeka Missouri, która przecina stan prawie na pół. Wiele dodatkowych rzek (dopływów Missisipi i Missouri) odwadnia stan, a niezliczone strumienie wzbogacają pola uprawne.
Duże jeziora w Missouri (wiele z nich powstało w wyniku spiętrzenia rzek) to Jezioro Ozarks, Jezioro Table Rock, Jezioro Stockton, Jezioro Clearwater, Jezioro Wappapello, Zbiornik Truman i Jezioro Bull Shoals na południowej granicy z Arkansas.