Powierzchnia nieco ponad 77 000 mil kwadratowych stawia Południową Dakotę w największej trzeciej części stanów pod względem wielkości rankingu według ziemi. Ten słabo zaludniony stan jest domem dla zaledwie 10 osób na milę kwadratową, oferując brak naturalnej scenerii i dzikiego terenu. Topografia Dakoty Południowej jest bardzo zróżnicowana, od łagodnie pofałdowanych równin, do głębokich dolin rzecznych, jałowych wzgórz i zalesionych gór, co daje odwiedzającym szansę na poznanie dość zróżnicowanych krajobrazów.
Wielkie Równiny
Rozległe Wielkie Równiny Ameryki Północnej rozciągają się ze wschodu na zachód od Appalachów do Gór Skalistych i z południa na północ od Meksyku do Arktyki, obejmując części 10 stanów i trzech prowincji kanadyjskich. Wielkie Równiny są technicznie rzecz biorąc płaskowyżem, wzniesionym, ale w większości płaskim ukształtowaniem terenu. Te półsuche łąki zajmują prawie trzy czwarte powierzchni Dakoty Południowej, a na niektórych obszarach, zwłaszcza w zachodniej części stanu, tworzą ostańce – strome wzgórza o płaskich szczytach.
Doliny rzek
Na dalekim północnym wschodzie stanu Rzeka Czerwona stanowi granicę Dakoty Południowej z Minnesotą. Tereny przylegające do tej rzeki znajdują się na wysokości około 1000 stóp, czyli niżej niż otaczający je płaskowyż Wielkich Równin. Płynąca na południe rzeka James przecina serce wschodniej Dakoty Południowej, a żyzna dolina otaczająca jej brzegi sprawia, że ten wąski pas ziemi jest najbardziej produktywnym obszarem rolniczym w stanie. Wysokość nad poziomem morza waha się tu od 1300 do 1400 stóp, czyli jest wyższa niż w Dolinie Rzeki Czerwonej, ale wciąż niższa niż na otaczających ją Wielkich Równinach. Dolina przecięta przez rzekę Missouri jest bardzo wąska, a jej szerokość wynosi zaledwie 1 milę; stąd też znana jest jako Rów Rzeki Missouri. Urwiska wznoszą się ostro w górę na wysokość od 300 do 600 stóp wzdłuż krawędzi tego rowu.
Badlands
Seria ostańców i kopulastych, falistych wzgórz znanych jako Badlands obejmuje 2000 mil kwadratowych wzdłuż zachodniej krawędzi Wielkich Równin w Południowej Dakocie. Bardzo mało roślinności rośnie w tym jałowym, surowym krajobrazie. Niegdyś dom dla egzotycznych gatunków zwierząt, takich jak wielbłądy i tygrysy szablozębne, duża część Badlands jest obecnie częścią chronionego Parku Narodowego Badlands.
Czarne Wzgórza
Na zachód od Badlands, Czarne Wzgórza sąsiadują z granicą Wyoming. W przeciwieństwie do Badlands, jednak lasy pokrywają te góry w kształcie kopuły, tworząc Black Hills National Forest. Słynny Mt. Rushmore jest wyrzeźbiony w jednym z ich skalistych cypli. W pobliżu centrum pasma, Harney Peak wznosi się na wysokość 7,242 stóp – jest to nie tylko najwyższy punkt w Południowej Dakocie, ale także najwyższy punkt w Stanach Zjednoczonych na wschód od Gór Skalistych.