Ta podsekcja sekcji „Funkcja” zawiera informacje istotne dla kofaktorów. Kofaktor to każda substancja niebiałkowa wymagana do tego, aby białko było aktywne katalitycznie. Niektóre kofaktory są nieorganiczne, takie jak atomy metali: cynku, żelaza i miedzi w różnych stanach utlenienia. Inne, takie jak większość witamin, są organiczne.
Kofaktory są na ogół albo związane ściśle z miejscami aktywnymi, lub mogą wiązać się luźno z enzymem. Mogą być również ważne dla integralności strukturalnej, tj. jeśli nie są obecne, enzym nie składa się prawidłowo lub staje się niestabilny.
Podsekcja 'Kofaktor’ jest używana, gdy jony i inne małe ligandy wiążą się z enzymem. Te cząsteczki kofaktorów są mapowane do identyfikatorów ChEBI. W przypadku multimerów, kofaktory mogą być związane albo tylko z jedną podjednostką enzymu, albo z interfejsem. W pierwszym przypadku, kofaktor jest przypisany tylko do podjednostki, z którą się wiąże.
Substraty dla reakcji (NAD, FAD, ATP), które są wymienione w podsekcji Aktywność katalityczna nie są wymienione jako kofaktory, z wyjątkiem rzadkich przypadków, w których enzym wiąże ten sam typ cząsteczki jako substrat w jednym miejscu i jako kofaktor w innych miejscach.
Następujące substancje nie są uważane za kofaktory:
– Wszechobecne substancje, takie jak woda, nie są uważane za kofaktory
– Jony, które są częścią dobrze opisanych domen wiążących metale, takich jak ręce EF.
Gdy alternatywne cząsteczki mogą działać jako kofaktory w tym samym miejscu, są one wymienione w jednym bloku adnotacji „Kofaktor”. Wymieniane są tylko cząsteczki, które pozwalają na więcej niż 50% maksymalnej aktywności, podczas gdy inne mogą być wymienione w polu „Uwaga”.
Przykłady: P00918, G3XD94
Gdy znana jest dokładna stechiometria kofaktora, zaznacza się to w polu „Uwaga”. W takich przypadkach tworzony jest tylko jeden blok adnotacji „Kofaktor”.
Przykład: Q90240
Gdy enzym wiąże chemicznie różne kofaktory w różnych miejscach, dla każdego miejsca tworzony jest jeden blok adnotacji 'Cofactor’.
Przykład: P38289
Gdy enzym wiąże kofaktor poprzez wiązanie kowalencyjne, nazwa związku jest wskazana w polu 'Cofactor’, natomiast nazwa modyfikacji jest opisana w polu Post-translational modifications (Modified residue).
Przykłady: P9WP55, B3QM53
Jeśli istnieje informacja o kofaktorze specyficzna dla izoformy lub łańcucha, dla każdej izoformy lub łańcucha będą osobne bloki adnotacji 'Cofactor’.
Przykłady: O15304, P26662
Jeśli udowodniono, że kofaktor nie jest wymagany do aktywności lub jest zbyt złożony, aby opisać go za pomocą ChEBI, możliwe jest posiadanie bloku adnotacji „Cofactor” składającego się tylko z „Note”.
Przykłady: A9CEQ7, Q9F1R6
.