Pomimo demilitaryzacji starego miasta na początku 1970 roku w celu zapobieżenia jej kiedykolwiek stać się ofiarą wojny, po niepodległości Chorwacji w 1991 roku Jugosłowiańska Armia Ludowa (JNA), wtedy składający się głównie z Serbów, zaatakował miasto. Nowy chorwacki rząd założył placówkę wojskową w samym mieście. Czarnogóra, kierowana przez prezydenta Momira Bulatovića i premiera Milo Đukanovića, który doszedł do władzy w czasie antybiurokratycznej rewolucji i sprzymierzył się ze Slobodanem Miloševićem w Serbii, oświadczyła, że Dubrownik nie powinien pozostać w Chorwacji, ponieważ twierdzili, że historycznie nigdy nie był częścią niepodległej Chorwacji, a raczej bardziej historycznie był dopasowany do nadmorskiej historii Czarnogóry. Tak czy inaczej, w tym czasie większość mieszkańców Dubrownika przyszedł do identyfikacji jako chorwacki, z samoidentyfikujących się Serbów stanowiących 6,8 procent populacji.
Na 1 października 1991 Dubrownik został zaatakowany przez JNA z oblężeniem Dubrownika, który trwał przez siedem miesięcy. Najcięższy atak artyleryjski był na 6 grudnia z 19 osób zabitych i 60 rannych. Liczba ofiar w konflikcie, według Chorwackiego Czerwonego Krzyża, wyniosła 114 zabitych cywilów, wśród nich poeta Milan Milišić. Zagraniczne gazety były krytykowane za to, że większą wagę przywiązywały do zniszczeń starego miasta niż do ofiar w ludziach. Niemniej jednak, ataki artyleryjskie na Dubrownik uszkodziły w jakimś stopniu 56% budynków, ponieważ historyczne, otoczone murami miasto, wpisane na listę światowego dziedzictwa UNESCO, ucierpiało w wyniku 650 trafień pociskami artyleryjskimi. Armia chorwacka zniósł oblężenie w maju 1992 roku, i wyzwolił okolice Dubrownika do końca października, ale niebezpieczeństwo nagłych ataków JNA trwała przez kolejne trzy lata.
Po zakończeniu wojny, szkody spowodowane przez ostrzał Starego Miasta został naprawiony. Zgodnie z wytycznymi UNESCO, naprawy zostały wykonane w oryginalnym stylu. Większość prac rekonstrukcyjnych wykonano w latach 1995-1999. Wyrządzone szkody można zobaczyć na planszy w pobliżu bramy miejskiej, pokazującej wszystkie trafienia artyleryjskie podczas oblężenia, i są wyraźnie widoczne z wysokich punktów w całym mieście w postaci bardziej jaskrawych kolorów nowych dachów.
Międzynarodowy Trybunał Karny dla byłej Jugosławii (ICTY) wydał akty oskarżenia dla generałów JNA i oficerów zaangażowanych w bombardowania. Generał Pavle Strugar, który koordynował atak na miasto, został skazany przez trybunał na siedem i pół roku więzienia za swoją rolę w ataku.
Rozbicie się samolotu USAF CT-43 w Chorwacji w 1996 roku, w pobliżu lotniska w Dubrowniku, zabiło wszystkich na pokładzie odrzutowca Sił Powietrznych Stanów Zjednoczonych, w tym sekretarza handlu Stanów Zjednoczonych Rona Browna, szefa biura New York Times we Frankfurcie Nathaniela C. Nasha i 33 inne osoby.