Zaczęła działalność w 1901 roku jako suchy dok i kontynuowała ją jako obiekt marynarki wojennej do 1996 roku, kiedy to zaprzestała działalności w wyniku zaleceń komisji ds. zmiany przeznaczenia i zamknięcia bazy z 1993 roku. W tym czasie został wydzierżawiony firmie Detyens Shipyards, Inc.
Oryginalnie oznaczony jako Navy Yard, a później jako Naval Base miał duży wpływ na lokalną społeczność, obszar trzech hrabstw i cały stan Karolina Południowa.
Stocznia najpierw wyprodukowała niszczyciel USS Tillman (DD-135), a następnie zaczęła zwiększać produkcję w latach trzydziestych. Łącznie w zakładzie marynarki wojennej zmontowano 21 niszczycieli.
W 1931 roku firma Ellicott Dredges dostarczyła 20-calową pogłębiarkę kutrową Orion, która nadal działa w starej stoczni marynarki wojennej w Charleston.
Dwoma z największych statków, jakie kiedykolwiek zbudowano w stoczni, były dwa kontrtorpedowce, USS Tidewater (AD-31) i USS Bryce Canyon (AD-36). Stępki pod te okręty położono odpowiednio w listopadzie 1944 i lipcu 1945 roku. Szczytowe zatrudnienie wynoszące 25 948 osób osiągnięto w lipcu 1943 r.
Po wojnie stocznia była odpowiedzialna za remonty i przebudowy zdobytych niemieckich okrętów podwodnych. W kwietniu 1948 r. sekretarz marynarki wojennej John L. Sullivan powiedział Charleston’s Representative Rivers i senatorowi Burnetowi R. Maybankowi, że marynarka planuje, aby CNSY stała się stocznią remontową okrętów podwodnych i poprosi o wstępne środki na jednostkę ładującą akumulatory.
Pierwszy okręt podwodny, USS Conger (SS-477), przybył na remont w sierpniu 1948 roku. Stocznia spodziewała się wyremontować w ciągu roku około 132 okrętów, a jej siła robocza ustabilizowała się na poziomie prawie 5000 osób.
Inwazja Korei Północnej na Koreę Południową w czerwcu 1950 r. ponownie zwiększyła produkcję. W 1951 r. w stoczni pracowało już ponad 8000 osób. W sumie, stocznia aktywowała czterdzieści cztery statki i przekształciła dwadzieścia siedem do aktywnej służby we flocie podczas wojny koreańskiej.
Łodzie podwodne były nadal budowane w latach sześćdziesiątych wraz z rakietami, a remonty atomowych okrętów podwodnych miały miejsce, w tym USS Scorpion (SSN-589) w 1962 roku. W 1966 roku stocznia zakończyła pierwsze tankowanie atomowego okrętu podwodnego USS Skipjack (SSN-585) i rozpoczęła pierwszy remont okrętu podwodnego z pociskami balistycznymi floty (FBM) USS Thomas A. Edison (SSBN-610). Rozpoczęto prace nad pogłębieniem suchego doku nr 2, aby mógł on obsługiwać masywne okręty podwodne i niszczyciele wyposażone w sonary FBM.”
Obiekt pozostał ważną instalacją przez cały okres zimnej wojny jako port macierzysty dla licznych krążowników, niszczycieli, atakujących okrętów podwodnych, okrętów podwodnych FBM, tenderów niszczycieli i tenderów okrętów podwodnych Floty Atlantyckiej USA aż do jego zamknięcia w latach 90-tych w wyniku zakończenia zimnej wojny i późniejszych działań Komisji BRAC.
.