Amygdala składa się z wielu subnuklei otrzymujących dane wejściowe, bezpośrednio lub pośrednio ze wszystkich systemów sensorycznych. Główne wzajemne połączenia z insulą są istotne dla interocepcji i świadomości emocjonalnej u człowieka.
Badania lezji wykazują, że migdałek obsługuje klasyczny paradygmat warunkowania strachu, u zwierząt i człowieka. Współczesna neuronauka obiecuje szczegółowe zrozumienie mechanizmów u zwierząt. U człowieka, rzadkie uszkodzenia ciała migdałowatego wiążą się z utratą zarówno subiektywnego doświadczenia strachu, jak i zdolności do wykrywania przejawów strachu u innych osób. Ponadto występuje upośledzenie poznania społecznego i podejmowania decyzji.
Obrazowanie mózgu u człowieka potwierdziło, że strach może być rejestrowany podprogowo i niezależnie od innych sygnałów nieemocjonalnych: w ten sposób wyraz strachu jest przetwarzany niezależnie od rozpoznawania twarzy. Wyraźne doświadczenie strachu w zaburzeniach psychiatrycznych koniecznie wiąże się z amygdala. Leki, które zwiększają serotoniny w mózgu mają wczesne działania w zmniejszaniu odpowiedzi neuronów w amygdala.
.