Reakcja cząstek z aglutyniną jest używana do wskazania obecnego lub przeszłego kontaktu gospodarza z patogenem . Gospodarz zakażony patogenem wytwarza przeciwciała w celu neutralizacji patogenu. W rezultacie, krew gospodarza nałożona na zestaw diagnostyczny powoduje agregację cząstek patogennych z powodu interakcji antygen-aglutynina. I odwrotnie, aglutynacja może być również stosowana do identyfikacji nowych bakterii lub komórek o określonym antygenie poprzez wystawienie ich na działanie surowicy zawierającej znane aglutyniny.
Aglutynacja, wykorzystująca aglutyniny krwi znane jako hemaglutyniny, jest stosowana diagnostycznie do identyfikacji grup krwi u ludzi w oparciu o reakcję pomiędzy antygenami erytrocytów (krwinek czerwonych) i aglutyninami. Ludzkie erytrocyty mają dwa główne typy antygenów (antygen A i B) wyrażone w różnych kombinacjach, dając albo erytrocyty, które wyrażają tylko antygen A, antygen B, antygen A i B razem, albo w ogóle nie mają antygenu. Gdy erytrocyty są wystawione na działanie hemaglutynin (przeciwciał anty-A i anty-B), te wyrażające antygen A lub B koagulują po zetknięciu się odpowiednio z hemaglutyninami anty-A i anty-B. Erytrocyty wykazujące ekspresję obu antygenów koagulują po kontakcie z hemaglutyninami anty-A lub anty-B, natomiast te, które nie wykazują ekspresji żadnego antygenu, nie koagulują po kontakcie z żadną hemaglutyniną. Technika ta służy jako szybka i skuteczna metoda identyfikacji grupy krwi danej osoby i jest niezbędna, gdy trzeba szybko przeprowadzić transfuzję krwi w celu uzupełnienia utraconej krwi.
.