De samenstelling van de gemeenschap varieert dramatisch over een koraalrif als gevolg van veranderende omgevingsfactoren zoals bathymetrie, diepte, golfslag, stroomsterkte, lichtpenetratie, temperatuurbereik en troebelheid (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Schwartz 2006). Als gevolg daarvan worden koraalriffen ingedeeld in verschillende zones die variëren naargelang het type koraalrif (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Schwartz 2006). Franjeriffen hebben drie zones die de rifvlakte, de rifkam en de riffront/helling of voorrif worden genoemd (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001;Schwartz 2006; Heemsoth 2014).Naast deze zones hebben barrièreriffen en atollen een lagune die het achterrif scheidt van de kustlijn (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Schwartz 2006; Heemsoth 2014)
Lagune en achterrifzones
Als men zich een weg baant over een barrièrerif, beginnend bij de kustlijn en op weg naar de open oceaan, zou men eerst een lagune tegenkomen die omhoog loopt in een achterrifzone((Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).De samenstelling van de soorten die in een lagune worden aangetroffen, kan aanzienlijk variëren tussen koraalriffen als gevolg van verschillende milieuomstandigheden (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).Zo kunnen ondiepe lagunes die half ingesloten zijn, extreme temperatuurschommelingen en hogere niveaus van sedimentatie en afzetting van voedingsstoffen hebben (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). Omgekeerd kunnen lagunes milieuomstandigheden hebben die de groei en overleving van koralen vergemakkelijken, zoals helder, kalm water (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). Zeegrasgemeenschappen worden ook vaak waargenomen in lagunes (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).De back reef zone bevindt zich tussen de lagune en de rifkam van een koraalrif.Back reef milieuomstandigheden zijn vergelijkbaar met die in de lagune en variëren tussen koraalriffen (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).
De rifvlakte
In een franjerif strekt de rifvlaktezone zich direct vanaf de kustlijn uit en is de eerste zone die men tegenkomt als men zich een weg over een koraalrif zou banen. Bij barrièreriffen bevindt deze zone zich aan de oceaanzijde van de achterste rifzone. In beide rifsystemen wordt de rifvlakte gekenmerkt door extreme milieuomstandigheden zoals geringe diepte, aanzienlijke temperatuurschommelingen, geringe watercirculatie en in sommige gevallen blootstelling aan lucht tijdens eb en vloed (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).De basis van de rifvlakte bestaat uit koraalskeletmateriaal, koraalpuin en zand dat kan worden gekoloniseerd door algen- en zeegrassoorten (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). Deze zone biedt permanente habitats voor veel ongewervelde soorten en bij eb migreren veel andere organismen naar de rifvlakte om voedsel te zoeken (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).
De rifkam
De rifkamzone bevindt zich aan de oceaanzijde van de rifvlakte en wordt gekenmerkt door constante golfslag en incidentele blootstelling aan lucht (Lalliand Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). Omdat de rifkam zich op een diepere diepte bevindt dan de rifvlaktezone, is de watercirculatie constanter en zijn temperatuurschommelingen minder extreem dan in de laatstgenoemde zone (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).Bepaalde soorten vertakkingskoralen, zoals Acropora palmata (elkhorn koraal), domineren dit deel van het koraalrif (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). Deze koralen vormen uitgestrekte velden binnen deze zone die habitats bieden voor veel rifvissen en ongewervelde soorten (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014)
Het riffront of de rifhelling
Vóór de rifkam bevindt zich het riffront of de rifhelling (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).Dit gebied heeft hogere niveaus van soortenrijkdom en abundantie dan elke andere zone op een koraalrif (Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).Binnen het riffront of de helling veranderen de milieuomstandigheden aanzienlijk met de diepte(Lalli en Parsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014). In de meest ondiepe delen van het riffront, waar golfslag extreem kan zijn, zijn de omstandigheden vergelijkbaar met die van de rifkam en overheersen vertakkende koralen zoals Acropora palmatadomin (Hubbard 1988; Jackson 1992; Aronson en Precht 2001; Pandolfi en Jackson 2006; Bellwood en Hughes 2006). In diepere wateren, waar de milieuomstandigheden stabieler zijn, floreren echter diverse koraalgemeenschappen (Lalli andParsons 1997; Spalding et al. 2001; Heemsoth 2014).