Separatist, ook Independent genoemd, een van de Engelse protestanten in de 16e en 17e eeuw die zich wensten af te scheiden van de vermeende corruptie van de Church of England en onafhankelijke plaatselijke kerken wensten te vormen. Separatisten waren politiek het invloedrijkst in Engeland ten tijde van het Gemenebest (1649-60) onder Oliver Cromwell, de lord protector, die zelf Separatist was. Daarna overleefden ze de onderdrukking en werden ze geleidelijk een belangrijke religieuze minderheid in Engeland.
Een fundamentele overtuiging van de Separatisten was het idee van de “verzamelde kerk”, gesticht door de Heilige Geest en niet door de mens of de staat. De Separatisten geloofden dat ware christelijke gelovigen andere christenen moesten opzoeken en samen hun kerken moesten vormen, en benadrukten het recht en de verantwoordelijkheid van elke gemeente om haar eigen zaken te bepalen, zonder dat zij die beslissingen hoefde te onderwerpen aan het oordeel van een hogere menselijke autoriteit. Deze opvatting stond in contrast met de territoriale basis van de Kerk van Engeland, waarin iedereen in een bepaald gebied werd toegewezen aan de parochiekerk, en elke plaatselijke parochie zich onderwierp aan het toezicht van de grotere kerkelijke hiërarchie.
De Separatistische beweging was aanvankelijk illegaal in Engeland, en veel van haar aanhangers werden vervolgd door de staat en de kerk. Vaak bestempeld als verraders, vluchtten veel Separatisten uit Engeland naar meer tolerante landen. Eén van hen vertrok in 1608 vanuit Engeland naar Nederland, en in 1620 vestigden sommigen van hen, de Pilgrims, zich in Plymouth, Massachusetts. De Plymouth Separatisten werkten samen met de Puriteinen die in 1630 de Massachusetts Bay Colony stichtten. Hoewel de Puriteinen oorspronkelijk hadden gehoopt de Kerk van Engeland te zuiveren en te hervormen, aanvaardden zij in New England de gemeentelijke vorm van kerkbestuur die door de Pelgrims was ingesteld. Zo werden de kerken van de Separatisten en de Puriteinen de Congregationalisten van de Verenigde Staten.