De Franse invasie in Spanje in 1808 veroorzaakte een uitbarsting van loyaliteit aan koning en vaderland en wekte grote bezorgdheid bij de kerk. De diepe Granadijnse bezorgdheid over het lot van het rijk en de tegenstrijdige acties van de koloniale en schiereilandelijke onderdanen over de controle van het bestuur tijdens de gevangenschap van de Spaanse koning Ferdinand VII leidden tot onlusten in Nieuw-Granada en tot onafhankelijkheidsverklaringen. In 1810 wierpen de ondergeschikte jurisdicties in Nieuw-Granada hun Spaanse ambtenaren af, behalve in Santa Marta, Ríohacha, en wat nu Panama en Ecuador zijn. De opstand in Bogotá op 20 juli 1810 wordt in Colombia herdacht als Onafhankelijkheidsdag, hoewel deze nieuwe regeringen trouw zwoeren aan Ferdinand VII en pas in 1811 de onafhankelijkheid begonnen uit te roepen. Idealisten en ambitieuze provinciale leiders streefden naar federatie. Creoolse leiders probeerden het gezag over de nieuwe regeringen te centraliseren. Het gevolg was een reeks burgeroorlogen, die de Spaanse herovering van de Verenigde Provincies van Nieuw-Granada tussen 1814 en 1816 vergemakkelijkten. Een restant van de republikeinse strijdkrachten vluchtte naar de llanos van Casanare, waar zij zich reorganiseerden onder leiding van Francisco de Paula Santander, een Colombiaanse generaal die een prominente figuur bleef in de Granadine politiek tot aan zijn dood in 1840.
Enige resterende loyaliteit aan de kroon werd vervreemd door het bestraffende arbitraire gedrag van de Europese en partizaanse troepen, wier acties de aanval op de Spaanse beschaving rechtvaardigden die eind 1810 begon en de hele 19e eeuw voortduurde. De rebellen van Casanare sloten zich aan bij die van Simón Bolívar in het Orinoco bekken van Venezuela. In 1819 waren de regelingen voor een reguliere regering rond en kwam een constitutionele conventie bijeen in Angostura (nu Ciudad Bolívar, Venezuela) met afgevaardigden uit Casanare en enkele Venezolaanse provincies. In datzelfde jaar viel Bolivar Colombia binnen en versloeg de Spaanse troepen op 7 augustus beslissend bij Boyacá. Daarna volgden de beslissende slag bij Carabobo, Venezuela, in 1821 en die bij Pichincha, Ecuador, in 1822. De zuiveringsoperaties werden in 1823 voltooid, terwijl Bolivar zijn troepen naar Peru leidde.
Het Congres van Angostura legde de grondslag voor de vorming van de Republiek Colombia (1819-30), die algemeen bekend stond als Gran Colombia omdat zij de huidige afzonderlijke landen Colombia, Panama, Venezuela en Ecuador omvatte. De republiek werd definitief georganiseerd door het Congres van Cúcuta in 1821. Voor die tijd was de regering zeer militair en hiërarchisch georganiseerd, met regionale vice-presidenten die directe macht uitoefenden terwijl de president, Bolívar, op campagne was. De republiek, die was georganiseerd als een gecentraliseerde representatieve regering, behield Bolívar als president en waarnemend president Santander als vice-president.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Gran Colombia kende een kort, viriel bestaan tijdens de oorlog. Latere civiele en militaire rivaliteit om openbare ambten en regionale jaloezie leidden in 1826 tot een opstand in Venezuela onder leiding van generaal José Antonio Páez. Bolívar keerde terug uit Peru om de eenheid te herstellen, maar verzekerde zich slechts van de erkenning van zijn persoonlijk gezag. Naarmate de ontevredenheid zich uitbreidde, werd het duidelijk dat geen enkele groep genoeg van de republiek hield om voor haar bestaan te vechten. In 1829 had Bolivar het land verdeeld in vier rechtsgebieden onder Venezolaanse generaals met civiel en militair gezag. Intussen was de conventie van Ocaña er niet in geslaagd de republiek te reorganiseren, en de korte dictatuur van Bolívar (1828-30) had geen beter succes. Bolívar riep vervolgens de Conventie van 1830 bijeen, die een grondwet opleverde die alleen in Nieuw-Granada werd gehonoreerd (de naam verwees toen alleen naar Colombia, met de Isthmus van Panama). Tijdens deze conventie nam Bolívar ontslag en vertrok naar de noordkust, waar hij op 17 december 1830 bij Santa Marta overleed. Tegen die tijd hadden Venezuela en Ecuador zich afgescheiden van Gran Colombia. Nieuw-Granada, een land met 1,5 miljoen inwoners in 1835, bleef alleen achter.
Robert Louis Gilmore