New Jersey State Prison is een complex dat bestaat uit drie afzonderlijke, maar onderling verbonden fysieke installaties uit drie verschillende tijdperken van de gevangenisbouw die op het terrein heeft plaatsgevonden. De drie delen zijn het 1798 Penitentiary House, de 1832 Fortress Penitentiary, en de 1982 hedendaagse gevangenis faciliteit.
Het 1798 NJ Penitentiary House, dat de eerste Staatsgevangenis in New Jersey was en de derde in het land na de Walnut Street Jail in Philadelphia en Newgate in New York City is ook het oudste gebouw dat nog steeds in gebruik is als onderdeel van een actieve, werkende gevangenis in de Verenigde Staten. Hierdoor kan het NJSP claimen de oudste nog in bedrijf zijnde staatsgevangenis in de VS te zijn. Het enige overgebleven deel van het Penitentiair Huis uit 1798 is het oorspronkelijke Voorhuis, dat oorspronkelijk dienst deed als woonruimte voor de bewaarder van de Staatsgevangenis, de vier assistent-bewaarders (de eerste vier mannen die dienst deden in de hoedanigheid van wat tegenwoordig bekend staat als Rijkskorrectiebeambten), de wapenkamer, administratieve kantoorruimte op de eerste verdieping en een rij cellen voor het opsluiten van ordeverstorende gevangenen in de kelder. Aangezien het Penitentiair Huis binnen een paar jaar na de opening van de Fortress Penitentiary in 1832 ophield met het huisvesten van gevangenen, kan de Auburn Correctional Facility aanspraak maken op het oudste nog in bedrijf zijnde cellenhuis in de VS.
Na de voltooiing en de overplaatsing van de gevangenen van het Penitentiair Huis naar het nieuwe, door John Haviland ontworpen Fortress Penitentiary-complex in 1836, diende de faciliteit uit 1798 afwisselend als gevangenis van Mercer County tijdens de bouw van hun Workhouse in Titusville, NJ, en vervolgens als staatsarsenaal tot 1929, toen alle uitrusting en diensten van de National Guard die daar waren gestationeerd, werden overgebracht naar de pas voltooide ANG-basis in Sea Girt, op welk moment de controle over het lege complex werd teruggegeven aan de Staatsgevangenis. In 1930 werden alle gebouwen van het Penitentiair Huis gesloopt, met uitzondering van het voorhuis, dat werd verbouwd tot woning voor de bewaarder van de Staatsgevangenis, een functie waarvoor het nu nog steeds wordt gebruikt. Het vrijgemaakte terrein waarop voorheen de cellenhuizen en de winkelgebouwen van het Penitentiair Huis stonden, werd omsloten door een 22 voet hoge muur van gewapend beton en in 1930 geopend als de Grote Binnenplaats. Dit nieuwe, grote recreatieterrein verlichtte de benauwde omstandigheden binnen de muren van het hoofdgebouw, waar tot dan toe weinig ruimte was voor recreatie buiten.
Het op één na oudste deel van de Staatsgevangenis van New Jersey, de Fortress Penitentiary, werd gebouwd tussen 1832 en 1836, toen de gevangenen uit het naastgelegen Penitentiary House werden overgeplaatst. De gevangenis van 1832 werd gebouwd op een aangrenzend stuk grond dat reeds eigendom van de staat was en onder toezicht van de bewaarder van de Staatsgevangenis stond. Bijgevolg wordt de compound van de Fortress Penitentiary uit 1836 beschouwd als een toevoeging aan de bestaande Staatsgevangenis op het terrein. Deze bewering is steekhoudend omdat de twee gebouwen naast elkaar op hetzelfde terrein bestonden en door de bewaarder werden beheerd en gecontroleerd als een gevangeniscomplex waarin dezelfde gevangenen werkten en werden ondergebracht. Aangezien de Staatsgevangenis vandaag de dag wordt geëxploiteerd als een verenigd complex bestaande uit afzonderlijke afzonderlijke compounds, is deze conclusie verdedigbaar.
In zijn Master’s Thesis uit 1917, gepubliceerd als “History of the Penal, Reformatory and Correctional Institutions of New Jersey” publiceerde wijlen Dr. Harry Elmer Barnes, de bekende Amerikaanse historicus een geschiedenis en analyse van de staatsgevangenissen, reformatoria en penitentiaire inrichtingen van NJ tot die tijd. Zijn werk was een analyse van de toepassing van de verschillende strafrechtelijke filosofieën en hun successen, mislukkingen en veranderingen van 1798 tot 1917. Hij scheidde in dit werk het Penitentiair Huis en de Fortress Penitentiary uit 1832 in twee “Systemen”. De term “Systeem” zoals gebruikt door Dr. Barnes werd in die tijd gebruikt zoals wij tegenwoordig “Paradym” gebruiken- Zijn “Eerste Gevangenissysteem in NJ” zoals toegepast op het Penitentiair Huis en “Tweede Gevangenissysteem in NJ” zoals toegepast op de 1832 faciliteit beschreef niet twee afzonderlijke gevangenissen noch gaf het twee afzonderlijke gevangenisorganisaties aan.
Dit was een geschiedenis en beschrijving van de overgang van New Jersey van het Congregate System of confinement, waarin alle personen ongeacht leeftijd, geslacht of geestelijke gesteldheid gewoon werden opgesloten in het Penitentiary House, naar het Pennsylvania System of confinement, dat bestond uit het opsluiten van gevangenen in afzonderlijke cellen, volledig geïsoleerd van andere gevangenen en de bewaarders. Het gezag en beheer van de Staatsgevangenis als instelling veranderde niet – de bewaarder hield als hoofd van de instelling toezicht op het Penitentiair Huis, zag toe op en droeg bij aan de bouw van de Fortress Penitentiary tussen 1832 en 1836, en zag toe op de overplaatsing van alle gevangenen van het oude naar het nieuwe kamp in 1836 en ging door in het nieuwe kamp. Deze bouw, overplaatsing en voortzetting van de activiteiten van de ene kant van het terrein naar de andere verschaft een verband tussen de oude en de nieuwe compound, en toont aan dat de New Jersey State Prison sinds 1798 heeft bestaan en onafgebroken op dezelfde plaats heeft gefunctioneerd. Dr. Barnes beschreef dus een verandering in de strafrechtelijke theorie en praktijk, niet de afschaffing van de oude gebouwen en bestuursorgaan en de vervanging van een nieuwe. Er was geen sprake van een onderbreking in de werking of het beheer.
De inrichting uit 1832 werd in de loop van de 19e eeuw verscheidene malen uitgebreid met nieuwe vleugels in de jaren tussen 1859 en 1907, en ook grotere Shop Hall gebouwen. In 1895-96, toen de 6de vleugel werd gebouwd, werden de oorspronkelijke muren uitgebreid tot aan de hoeken van het oude Penitentiaire Huis om die vleugel te omsluiten, evenals het nieuwere Shop Hall gebouw, dat tot dan toe buiten de hoofdmuren had gestaan.
De doodstraf werd verplaatst van de County Jails naar de NJ State Prison in 1907, toen de eerste executie werd uitgevoerd met behulp van de nieuwe Elektrische Stoel, gebouwd door Carl Adams uit Trenton, in de werkplaatsen van zijn Adams Electric Company. De laatste elektrocutie vond plaats in 1963. In 1979 werd het Death House (8 Wing), samen met de oude vleugel van het ziekenhuis afgebroken om plaats te maken voor een nieuw Gymnasium.
De fundering voor het moderne gebouw werd in 1979 gelegd, en het was voltooid in 1982. Sinds die tijd zijn er geen toevoegingen meer gedaan.