Panama is een transcontinentaal land met een oppervlakte van 75.417 sq. km (29.119 sq mi) van Centraal naar Zuid-Amerika.
Zoals te zien op de fysieke kaart van Panama, wordt het landschap van het land gedomineerd door beboste, vulkanische bergen die zich uitstrekken van de Costa Ricaanse grens tot Colombia, Zuid-Amerika. Tot de belangrijke gebergten behoren het lange Centrale Gebergte, alsmede de San Blas, Talamanca en Tabasara.
Het hoogste punt in Panama is de 3.475 m hoge Volcán Barú. Een gele rechtopstaande driehoek markeert de positie van het punt op de kaart.
De zandige strandkusten van Panama gaan over in beboste laaglanden die uitlopen in de uitlopers van de bergketens in het binnenland. Het oostelijke derde deel van Panama (de provincie Darien) is een dunbevolkt land van regenwouden, rivieren en moerassig laagland dat wordt begrensd door hoge bergtoppen. De Darien kloof, aan de grens met Colombia, is een onherbergzame, bijna onbegaanbare dichte jungle.
De noordelijke kustlijn wordt omringd door de honderden kleine eilanden die de Bocas del Torro en San Blas Archipels vormen. Belangrijke eilanden langs de zuidkust zijn onder meer de Pearl Islands (bekend van Survivor), Taboga, Cebaco en Coiba. Honderden kleine rivieren voeren het land af. Belangrijke rivieren zijn de Charges, Chepo, Chucunague, San Pablo, Santa Maria en Tuira.