Een oppervlakte van iets meer dan 77.000 vierkante mijl plaatst South Dakota in het grootste derde deel van de staten in termen van grootte, gerangschikt naar land. In deze dunbevolkte staat wonen slechts ongeveer 10 mensen per vierkante mijl, wat een gebrek aan natuurlijke landschappen en wild terrein oplevert. De topografie van South Dakota varieert sterk, van zacht glooiende vlaktes, tot diepe rivierdalen, kale heuvels en beboste bergen, waardoor bezoekers de kans krijgen om heel diverse landschappen te verkennen.
Grote Vlakten
De uitgestrekte Grote Vlakten van Noord-Amerika strekken zich van oost naar west uit van de Appalachen tot de Rocky Mountains, en van zuid naar noord van Mexico tot het noordpoolgebied, en beslaan delen van 10 staten en drie Canadese provincies. De Great Plains zijn technisch gezien een plateau, een hooggelegen, maar overwegend vlakke, landvorm. Deze halfdroge graslanden bedekken bijna driekwart van South Dakota, en breken in sommige gebieden in buttes – steile, vlakke heuvels -, vooral in het westen van de staat.
Riviervalleien
In het uiterste noordoosten van de staat vormt de Rode Rivier de grens van South Dakota met Minnesota. Het land dat aan deze rivier grenst ligt op ongeveer 1.000 voet, een lagere hoogte dan die van het omringende plateau van de Great Plains. De zuidwaarts stromende James River doorsnijdt het hart van oostelijk South Dakota, en de vruchtbare vallei langs de oevers maakt deze smalle strook land tot het meest productieve landbouwgebied van de staat. De hoogte varieert hier van 1.300 tot 1.400 voet, hoger dan de Red River Valley, maar nog steeds lager dan de omringende Great Plains. De vallei die door de Missouri Rivier wordt uitgesneden is, met een breedte van slechts 1 mijl, uiterst smal; vandaar dat ze bekend staat als de Missouri Rivier Geul. Langs de randen van deze geul rijzen de rotsen scherp omhoog, 300 tot 600 voet.
The Badlands
Een reeks van buttes en koepelachtige, glooiende heuvels die bekend staan als de Badlands beslaan 2.000 vierkante mijl langs de westelijke rand van de Great Plains in South Dakota. Zeer weinig vegetatie groeit in dit dorre, ruige landschap. Ooit het thuis van exotische diersoorten zoals kamelen en sabeltandtijgers, zijn veel van de Badlands nu onderdeel van het beschermde Badlands National Park.
Black Hills
Westelijk van de Badlands, de Black Hills straddle de Wyoming grens. In tegenstelling tot de Badlands, bedekken bossen deze koepelvormige bergen, die het Black Hills National Forest vormen. De beroemde Mt. Rushmore is uitgehouwen in een van hun rotsige voorgebergten. Vlakbij het centrum van de reeks, stijgt Harney Peak tot 7,242 feet – niet alleen het hoogste punt in South Dakota, maar het hoogste punt in de Verenigde Staten ten oosten van de Rocky Mountains.