Afhankelijk van de ernst van een nieraandoening kan een urologisch team een aantal nieroperaties aanbevelen, waarvan vele laparoscopisch kunnen worden uitgevoerd voor een gemakkelijker herstel. Veel voorkomende nierproblemen zijn nierstenen, cysten, goedaardige en kankergezwellen, en defecten of verstoppingen in de urineleider, die de urine uit de nieren afvoert.
De procedures die voor nierstenen worden gebruikt, omvatten de niet-invasieve lithotripsie, waarbij schokgolven worden gebruikt om grote stenen te breken zodat ze gemakkelijker door het urinestelsel kunnen passeren, en een operatie die percutane nefrolithonomie (PCNL) wordt genoemd om stenen te verwijderen die te groot zijn voor andere behandelingen.
Laparoscopische cysteablatie is een minimaal-invasieve techniek voor het verwijderen van niercysten. Laparoscopische pyeloplastiek corrigeert problemen op de plaats waar de urineleider en de nier aan elkaar vastzitten.
Wanneer een nier of een deel ervan moet worden verwijderd vanwege ziekte of kanker, wordt deze procedure een nefrectomie genoemd. Nefrectomieën kunnen radicaal zijn (de hele nier wordt verwijderd) of gedeeltelijk (alleen de tumor wordt verwijderd), en ze kunnen worden uitgevoerd in een open operatie (grotere incisie) of laparoscopisch (minimaal invasief, met kleine incisies).