In dit onderdeel van de sectie “Functie” vindt u informatie over cofactoren. Een cofactor is een niet-eiwitachtige stof die nodig is om een eiwit katalytisch actief te laten zijn. Sommige cofactoren zijn anorganisch, zoals de metaalatomen zink, ijzer en koper in verschillende oxidatietoestanden. Andere, zoals de meeste vitamines, zijn organisch.
Cofactoren zijn in het algemeen ofwel stevig gebonden aan actieve sites, of kunnen zich losjes binden met het enzym. Ze kunnen ook belangrijk zijn voor de structurele integriteit, d.w.z. als ze niet aanwezig zijn, vouwt het enzym zich niet goed of wordt het instabiel.
De subrubriek ‘Cofactor’ wordt gebruikt wanneer ionen en andere kleine liganden zich aan het enzym binden. Deze cofactormoleculen worden in kaart gebracht met ChEBI-identifiers. In het geval van multimeren kunnen cofactoren gebonden zijn aan slechts één subeenheid van het enzym of aan de interface. In het eerste geval wordt de cofactor alleen geannoteerd voor de subeenheid waaraan hij bindt.
Substraten voor een reactie (NAD, FAD, ATP) die in de subrubriek Katalytische activiteit zijn opgenomen, worden niet als cofactor vermeld, met uitzondering van de zeldzame gevallen waarin een enzym hetzelfde type molecuul op één plaats als substraat en op andere plaatsen als cofactor bindt.
De volgende stoffen worden niet als cofactoren beschouwd:
– Alomtegenwoordige stoffen zoals water worden niet als cofactoren beschouwd
– Ionen die deel uitmaken van goed beschreven metaalbindende domeinen, zoals EF-handjes.
Wanneer alternatieve moleculen op dezelfde plaats als cofactor kunnen optreden, worden ze in één annotatieblok ‘Cofactor’ opgenomen. Alleen moleculen die meer dan 50% van de maximale activiteit mogelijk maken, worden vermeld, terwijl andere in het veld “Opmerking” kunnen worden vermeld.
Voorbeelden: P00918, G3XD94
Wanneer de precieze stoichiometrie van een cofactor bekend is, wordt dit in het veld “Opmerking” aangegeven. In dergelijke gevallen wordt slechts één “Cofactor”-annotatieblok aangemaakt.
Voorbeeld: Q90240
Wanneer een enzym op verschillende plaatsen chemisch verschillende cofactoren bindt, is er voor elke plaats een ‘Cofactor’-annotatieblok.
Voorbeeld: P38289
Wanneer een enzym een cofactor bindt via een covalente koppeling, wordt de naam van de verbinding vermeld onder ‘Cofactor’, terwijl de naam van de modificatie wordt beschreven onder Post-translationele modificaties (Gemodificeerd residu).
Voorbeelden: P9WP55, B3QM53
Als er isovormspecifieke of ketenspecifieke cofactorinformatie is, komen er aparte ‘Cofactor’-annotatieblokken voor elke isovorm of keten.
Voorbeelden: O15304, P26662
Als is aangetoond dat een cofactor niet nodig is voor de activiteit, of te complex is om met ChEBI te worden beschreven, is het mogelijk om een ‘Cofactor’-annotatieblok te hebben dat alleen uit een ‘Opmerking’ bestaat.
Voorbeelden: A9CEQ7, Q9F1R6