De werf werd in 1901 in gebruik genomen als droogdok en bleef tot 1996 in gebruik als marinebasis. In dat jaar werd de werf gesloten als gevolg van de aanbevelingen van de Base Realignment and Closure Commission uit 1993. Op dat moment werd het verhuurd aan Detyens Shipyards, Inc.
Oorspronkelijk aangeduid als de Navy Yard en later als de marinebasis had het een grote impact op de lokale gemeenschap, het drie-landen gebied en de hele staat South Carolina.
De werf produceerde eerst de destroyer USS Tillman (DD-135), waarna de productie in de jaren 1930 begon te stijgen. In totaal werden 21 torpedojagers geassembleerd op de marinewerf.
In 1931 leverde Ellicott Dredges de 20-inch cutter dredge Orion die nog steeds in bedrijf was op de oude Charleston Naval Shipyard.
Twee van de grootste schepen die ooit op de werf werden gebouwd, waren twee torpedojagertenders, USS Tidewater (AD-31) en USS Bryce Canyon (AD-36). De kielen van deze schepen werden respectievelijk in november 1944 en juli 1945 gelegd. Een piek van 25.948 werknemers werd bereikt in juli 1943.
Na de oorlog was de scheepswerf verantwoordelijk voor de reparaties en verbouwingen van buitgemaakte Duitse onderzeeërs. In april 1948 vertelde John L. Sullivan, Secretaris van de Marine, aan Charleston’s afgevaardigde Rivers en senator Burnet R. Maybank dat de marine van plan was om van CNSY een revisiewerf voor onderzeeërs te maken en een eerste krediet zou vragen voor een acculaadinstallatie.
De eerste onderzeeboot, USS Conger (SS-477), kwam in augustus 1948 aan voor revisie. De scheepswerf verwachtte in de loop van het jaar ongeveer 132 schepen te reviseren, en het personeelsbestand was gestabiliseerd op bijna 5.000 personen.
De Noord-Koreaanse invasie van Zuid-Korea in juni 1950 verhoogde de productie opnieuw. Tegen 1951 had de scheepswerf weer meer dan 8.000 werknemers. In totaal activeerde de scheepswerf vierenveertig schepen en verbouwde er zevenentwintig voor actieve vlootdienst tijdens de Koreaanse oorlog.
Submarines bleven tot in de jaren zestig gebouwd worden, samen met raketten, en er vonden revisies van kernonderzeeërs plaats, waaronder USS Scorpion (SSN-589) in 1962. In 1966 voltooide de scheepswerf de eerste bijtankbeurt van een kernonderzeeër, USS Skipjack (SSN-585), en begon de eerste revisie van een FBM-onderzeeër (Fleet Ballistic Missile), USS Thomas A. Edison (SSBN-610). Er werd begonnen met het uitdiepen van Dry Dock No. 2 zodat het de enorme FBM onderzeeërs en torpedobootjagers uitgerust met sonar aankan.”
De faciliteit bleef een belangrijke installatie gedurende de Koude Oorlog als thuishaven voor tal van kruisers, destroyers, aanvalsonderzeeërs, FBM-onderzeeërs, destroyer tenders, en onderzeeër tenders van de Amerikaanse Atlantische Vloot tot de sluiting in de jaren 1990 als gevolg van het einde van de Koude Oorlog en de daaropvolgende BRAC Commissie actie.