Reactie van deeltjes met agglutinine wordt gebruikt om huidig of vroeger contact van de gastheer met een pathogeen aan te geven. Een gastheer die met een ziekteverwekker is geïnfecteerd, produceert antilichamen om de ziekteverwekker te neutraliseren. Als gevolg daarvan veroorzaakt het bloed van een gastheer dat op een diagnostische kit wordt aangebracht de agglutinatie van de pathogene deeltjes als gevolg van de interactie tussen antigeen en agglutinine. Omgekeerd kan agglutinatie ook worden gebruikt om nieuwe bacteriën of cellen met een specifiek antigeen te identificeren door ze bloot te stellen aan serum dat bekende agglutininen bevat.
Aggglutinatie, waarbij bloedagglutininen worden gebruikt die bekend staan als hemagglutininen, wordt diagnostisch gebruikt om bloedgroepen van mensen te identificeren op basis van de reactie tussen de erytrocyten (rode bloedcellen) antigenen en agglutininen. Menselijke erytrocyten hebben twee hoofdtypen antigenen (antigeen A en B) die in verschillende combinaties tot expressie komen, zodat erytrocyten ontstaan die ofwel alleen antigeen A, antigeen B, antigenen A en B samen of helemaal geen antigeen tot expressie brengen. Wanneer erytrocyten worden blootgesteld aan hemagglutininen (anti-A en anti-B antilichamen), coaguleren de erytrocyten die antigeen A of B tot expressie brengen wanneer zij in contact komen met respectievelijk anti-A en anti-B hemagglutininen. Erytrocyten die beide antigenen tot expressie brengen, coaguleren bij contact met anti-A of anti-B hemagglutininen, terwijl hemagglutininen die geen enkel antigeen tot expressie brengen, bij contact met geen enkel hemagglutinine coaguleren. Deze techniek is een snelle en doeltreffende methode om de bloedgroep van een persoon vast te stellen en is van essentieel belang wanneer snel een bloedtransfusie moet worden uitgevoerd om verloren bloed aan te vullen.