Iniciou as operações em 1901 como doca seca, e continuou como uma instalação naval até 1996, quando cessou as operações como resultado das recomendações da Comissão de Realinhamento de Base e Encerramento de 1993. Nessa época foi arrendada à Detyens Shipyards, Inc.
Originalmente designada como Estaleiro da Marinha e mais tarde como Base Naval teve um grande impacto na comunidade local, na área do tri-condado e em todo o Estado da Carolina do Sul.
O estaleiro produziu primeiro o contratorpedeiro USS Tillman (DD-135), depois começou a aumentar a produção na década de 1930. Um total de 21 destruidores foram montados nas instalações navais.
Em 1931, Ellicott Dredges entregou a draga cortadora de 20 polegadas Orion ainda em operação no antigo estaleiro naval de Charleston.
Duas das maiores embarcações já construídas no estaleiro eram dois destroyer tenders, USS Tidewater (AD-31) e USS Bryce Canyon (AD-36). A quilha destas embarcações foi colocada em Novembro de 1944 e Julho de 1945, respectivamente. O pico de emprego de 25.948 foi atingido em julho de 1943.
Após a guerra, o estaleiro foi responsável pelas reparações e alterações dos submarinos alemães capturados. Em abril de 1948, o Secretário da Marinha John L. Sullivan disse ao Deputado Rivers de Charleston e ao Senador Burnet R. Maybank que a Marinha planejava que o CNSY se tornasse um estaleiro de revisão de submarinos e pediria uma dotação inicial para uma unidade de carregamento de baterias.
O primeiro submarino, USS Conger (SS-477), chegou para a revisão geral em agosto de 1948. O estaleiro esperava revisar cerca de 132 navios durante o ano, e sua força de trabalho tinha se estabilizado para quase 5.000 pessoas.
A invasão norte-coreana da Coreia do Sul em junho de 1950 aumentou novamente a produção. Em 1951, o estaleiro estava de volta a ter mais de 8.000 empregados. No total, o estaleiro activou quarenta e quatro navios e converteu vinte e sete para serviço activo da frota durante a Guerra da Coreia.
Submarinos continuaram a ser construídos na década de 1960 juntamente com mísseis, e revisões de submarinos nucleares ocorreram incluindo o USS Scorpion (SSN-589) em 1962. Em 1966, o estaleiro completou o primeiro reabastecimento de um submarino nuclear, USS Skipjack (SSN-585), e iniciou a sua primeira revisão de um submarino FBM (Fleet Ballistic Missile), USS Thomas A. Edison (SSBN-610). Começaram os trabalhos de aprofundamento da doca seca nº 2 para que pudesse manejar os enormes submarinos FBM e destroyers equipados com sonar”.
A instalação permaneceu uma instalação importante durante toda a Guerra Fria como um porto de abrigo para numerosos cruzadores, contratorpedeiros, submarinos de ataque, submarinos FBM, contratorpedeiros, e contratorpedeiros da Frota Atlântica dos EUA até o seu encerramento nos anos 90 como resultado do fim da Guerra Fria e da subsequente acção da Comissão BRAC.