Separatist, auch Unabhängiger, einer der englischen Protestanten im 16. und 17. Jahrhundert, die sich von der als korrupt empfundenen Kirche von England trennen und unabhängige Ortskirchen bilden wollten. Den größten politischen Einfluss hatten die Separatisten in England während der Zeit des Commonwealth (1649-60) unter Oliver Cromwell, dem Lordprotektor, der selbst ein Separatist war. In der Folgezeit überlebten sie die Unterdrückung und wurden allmählich zu einer bedeutenden religiösen Minderheit in England.
Eine grundlegende Überzeugung der Separatisten war die Idee der „versammelten Kirche“, die vom Heiligen Geist und nicht von Menschen oder dem Staat gegründet wurde. In der Überzeugung, dass wahre christliche Gläubige andere Christen suchen und gemeinsam ihre Kirchen bilden sollten, betonten die Separatisten das Recht und die Verantwortung jeder Gemeinde, ihre eigenen Angelegenheiten zu regeln, ohne diese Entscheidungen dem Urteil einer höheren menschlichen Autorität unterwerfen zu müssen. Dieser Gedanke stand im Gegensatz zur territorialen Grundlage der Kirche von England, in der jeder in einem bestimmten Gebiet der Pfarrkirche zugeordnet war und jede örtliche Gemeinde sich der Aufsicht der größeren Kirchenhierarchie unterwarf.
Die Separatistenbewegung war in England zunächst illegal, und viele ihrer Anhänger wurden vom Staat und der Kirche verfolgt. Da sie oft als Verräter abgestempelt wurden, flohen viele Separatisten aus England in tolerantere Länder. Eine solche Gruppe verließ England 1608 in Richtung Holland, und 1620 ließen sich einige von ihnen, die Pilgrims, in Plymouth, Massachusetts, nieder. Die Separatisten von Plymouth arbeiteten mit den Puritanern zusammen, die 1630 die Massachusetts Bay Colony gründeten. Obwohl die Puritaner ursprünglich gehofft hatten, die Kirche von England zu reinigen und zu reformieren, akzeptierten sie in Neuengland die von den Pilgervätern eingeführte kongregationale Form der Kirchenverwaltung. So wurden die Kirchen der Separatisten und der Puritaner zu den Kongregationalisten in den Vereinigten Staaten.