Der Einmarsch der Franzosen in Spanien im Jahr 1808 löste einen Ausbruch der Loyalität gegenüber dem König und dem Land aus und erregte große Besorgnis in der Kirche. Die tiefe granadinische Besorgnis über das Schicksal des Reiches und die widersprüchlichen Handlungsweisen der Untertanen der Kolonien und der Halbinsel in Bezug auf die Kontrolle der Regierung während der Gefangenschaft des spanischen Königs Ferdinand VII. führten zu Unruhen in Neu-Granada und zu Unabhängigkeitserklärungen. Im Jahr 1810 entließen die untergeordneten Gerichtsbarkeiten in Neugranada ihre spanischen Beamten, außer in Santa Marta, Ríohacha und im heutigen Panama und Ecuador. Der Aufstand in Bogotá am 20. Juli 1810 wird in Kolumbien als Unabhängigkeitstag begangen, obwohl die neuen Regierungen Ferdinand VII. die Treue schworen und erst 1811 ihre Unabhängigkeit erklärten. Idealisten und ehrgeizige Provinzführer strebten eine Föderation an. Die kreolischen Führer versuchten, die Autorität über die neuen Regierungen zu zentralisieren. Es kam zu einer Reihe von Bürgerkriegen, die die spanische Rückeroberung der Vereinigten Provinzen von Neugranada zwischen 1814 und 1816 erleichterten. Ein Rest der republikanischen Streitkräfte floh in die llanos von Casanare, wo sie sich unter Francisco de Paula Santander, einem kolumbianischen General, der bis zu seinem Tod 1840 eine prominente Rolle in der granadinischen Politik spielte, neu organisierten.
Die verbleibende Loyalität gegenüber der Krone wurde durch die strafende Willkür der europäischen Truppen und der Partisanen entfremdet, deren Handlungen dem Angriff auf die spanische Zivilisation, der Ende 1810 begann und sich bis ins 19. Die rebellischen Kräfte in Casanare schlossen sich denen von Simón Bolívar im Orinoco-Becken von Venezuela an. Bis 1819 waren die Vorbereitungen für eine reguläre Regierung abgeschlossen, und in Angostura (heute Ciudad Bolívar, Venezuela) trat ein Verfassungskonvent mit Delegierten aus Casanare und einigen venezolanischen Provinzen zusammen. Im selben Jahr fiel Bolívar in Kolumbien ein und besiegte die spanischen Truppen am 7. August bei Boyacá entscheidend. Es folgten die entscheidende Schlacht von Carabobo (Venezuela) im Jahr 1821 und die von Pichincha (Ecuador) im Jahr 1822. Die Aufräumarbeiten wurden 1823 abgeschlossen, während Bolívar seine Truppen nach Peru weiterführte.
Der Kongress von Angostura legte den Grundstein für die Gründung der Republik Kolumbien (1819-30), die allgemein als Großkolumbien bezeichnet wurde, da sie die heute getrennten Länder Kolumbien, Panama, Venezuela und Ecuador umfasste. Die endgültige Gründung der Republik erfolgte 1821 auf dem Kongress von Cúcuta. Davor war die Regierung stark militärisch und hierarchisch organisiert, mit regionalen Vizepräsidenten, die direkte Macht ausübten, während ihr Präsident Bolívar auf Wahlkampf war. Die als zentralisierte repräsentative Regierung organisierte Republik behielt Bolívar als Präsidenten und den amtierenden Präsidenten Santander als Vizepräsidenten.
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Gran Colombia hatte während des Krieges eine kurze, virile Existenz. Nachfolgende zivile und militärische Rivalitäten um öffentliche Ämter und regionale Eifersüchteleien führten 1826 zu einer Rebellion in Venezuela unter der Führung von General José Antonio Páez. Bolívar kehrte aus Peru zurück, um die Einheit wiederherzustellen, erreichte aber nur die Anerkennung seiner persönlichen Autorität. Als sich die Unzufriedenheit ausbreitete, wurde klar, dass keine Gruppe die Republik genug liebte, um für ihre Existenz zu kämpfen. Bis 1829 hatte Bolívar das Land in vier Gerichtsbarkeiten unter venezolanischen Generälen aufgeteilt, die über zivile und militärische Autorität verfügten. In der Zwischenzeit war es dem Konvent von Ocaña nicht gelungen, die Republik zu reorganisieren, und auch die kurze Diktatur Bolívars (1828-30) war nicht erfolgreicher. Bolívar berief daraufhin den Konvent von 1830 ein, der eine Verfassung ausarbeitete, die nur in Neu-Granada anerkannt wurde (der Name bezog sich damals nur auf Kolumbien mit dem Isthmus von Panama). Während dieses Konvents trat Bolívar zurück und reiste an die Nordküste, wo er am 17. Dezember 1830 in der Nähe von Santa Marta starb. Zu diesem Zeitpunkt hatten sich Venezuela und Ecuador von Großkolumbien abgetrennt. Neu-Granada, ein Land mit 1,5 Millionen Einwohnern im Jahr 1835, war auf sich allein gestellt.
Robert Louis Gilmore