Dieser Unterabschnitt des Abschnitts „Funktion“ enthält Informationen zu Kofaktoren. Ein Kofaktor ist eine Nicht-Protein-Substanz, die erforderlich ist, damit ein Protein katalytisch aktiv sein kann. Einige Kofaktoren sind anorganisch, wie z. B. die Metallatome Zink, Eisen und Kupfer in verschiedenen Oxidationsstufen. Andere, wie die meisten Vitamine, sind organisch.
Kofaktoren sind im Allgemeinen entweder fest an aktive Stellen gebunden oder können lose mit dem Enzym verbunden sein. Sie können auch für die strukturelle Integrität wichtig sein, d.h. wenn sie nicht vorhanden sind, faltet sich das Enzym nicht richtig oder wird instabil.
Der Unterabschnitt „Cofaktor“ wird verwendet, wenn Ionen und andere kleine Liganden an das Enzym binden. Diese Kofaktormoleküle werden den ChEBI-Identifikatoren zugeordnet. Bei Multimeren können Cofaktoren entweder nur an eine Untereinheit des Enzyms oder an die Schnittstelle gebunden sein.
Substrate für eine Reaktion (NAD, FAD, ATP), die im Unterabschnitt Katalytische Aktivität aufgeführt sind, werden nicht als Cofaktoren aufgeführt, mit Ausnahme der seltenen Fälle, in denen ein Enzym dieselbe Art von Molekül an einer Stelle als Substrat und an anderen Stellen als Cofaktor bindet.
Die folgenden Substanzen werden nicht als Kofaktoren betrachtet:
– Ubiquitäre Substanzen wie Wasser werden nicht als Kofaktoren betrachtet
– Ionen, die Teil gut beschriebener metallbindender Domänen sind, wie z. B. EF-Hände.
Wenn alternative Moleküle an derselben Stelle als Kofaktoren wirken können, werden sie in einem „Kofaktor“-Anmerkungsblock aufgeführt. Nur Moleküle, die mehr als 50 % der maximalen Aktivität ermöglichen, werden erwähnt, während andere im Feld „Anmerkung“ erwähnt werden können.
Beispiele: P00918, G3XD94
Wenn die genaue Stöchiometrie eines Cofaktors bekannt ist, wird dies im Feld „Anmerkung“ angegeben. In solchen Fällen wird nur ein „Cofactor“-Anmerkungsblock erstellt.
Beispiel: Q90240
Wenn ein Enzym chemisch unterschiedliche Cofaktoren an verschiedenen Stellen bindet, gibt es für jede Stelle einen „Cofactor“-Anmerkungsblock.
Beispiel: P38289
Wenn ein Enzym einen Cofaktor über eine kovalente Bindung bindet, wird der Name der Verbindung unter ‚Cofactor‘ angegeben, während der Name der Modifikation unter Posttranslationale Modifikationen (Modifizierter Rest) beschrieben wird.
Beispiele: P9WP55, B3QM53
Wenn es isoform- oder kettenspezifische Cofaktor-Informationen gibt, gibt es für jede Isoform oder Kette separate ‚Cofactor‘-Anmerkungsblöcke.
Beispiele: O15304, P26662
Wenn sich herausstellt, dass ein Kofaktor für die Aktivität nicht erforderlich ist oder zu komplex ist, um mit ChEBI beschrieben zu werden, ist es möglich, einen „Cofactor“-Anmerkungsblock zu haben, der nur aus einem „Hinweis“ besteht.
Beispiele: A9CEQ7, Q9F1R6