Die Werft wurde 1901 als Trockendock in Betrieb genommen und diente der Marine bis 1996, als sie aufgrund der Empfehlungen der Base Realignment and Closure Commission von 1993 ihren Betrieb einstellte. Damals wurde sie an Detyens Shipyards, Inc. verpachtet.
Die ursprünglich als Marinewerft und später als Marinestützpunkt bezeichnete Anlage hatte großen Einfluss auf die örtliche Gemeinde, das Dreiländereck und den gesamten Bundesstaat South Carolina.
Die Werft stellte zunächst den Zerstörer USS Tillman (DD-135) her und begann dann in den 1930er Jahren, die Produktion zu steigern. Insgesamt wurden 21 Zerstörer in der Marinewerft gebaut.
Im Jahr 1931 lieferte Ellicott Dredges den 20-Zoll-Kutterbagger Orion aus, der noch in der alten Charleston Naval Shipyard in Betrieb war.
Zwei der größten jemals auf der Werft gebauten Schiffe waren die beiden Zerstörertender USS Tidewater (AD-31) und USS Bryce Canyon (AD-36). Die Kiellegung dieser Schiffe erfolgte im November 1944 bzw. im Juli 1945. Die Höchstbeschäftigung von 25.948 Mitarbeitern wurde im Juli 1943 erreicht.
Nach dem Krieg war die Werft für die Reparatur und den Umbau von erbeuteten deutschen U-Booten zuständig. Im April 1948 teilte Marineminister John L. Sullivan dem Charlestoner Abgeordneten Rivers und Senator Burnet R. Maybank mit, dass die Marine plane, die CNSY zu einer U-Boot-Überholungswerft zu machen, und dass sie eine erste Bewilligung für eine Batterieladeanlage beantragen werde.
Das erste U-Boot, USS Conger (SS-477), traf im August 1948 zur Überholung ein. Die Werft rechnete damit, im Laufe des Jahres etwa 132 Schiffe zu überholen, und die Zahl der Beschäftigten hatte sich auf fast 5.000 stabilisiert.
Die nordkoreanische Invasion in Südkorea im Juni 1950 führte zu einer erneuten Steigerung der Produktion. 1951 hatte die Werft wieder über 8.000 Beschäftigte. Insgesamt aktivierte die Werft vierundvierzig Schiffe und rüstete siebenundzwanzig für den aktiven Flottendienst während des Koreakriegs um.
U-Boote wurden bis in die 1960er Jahre hinein zusammen mit Raketen gebaut, und es fanden Überholungen von Atom-U-Booten statt, darunter die USS Scorpion (SSN-589) im Jahr 1962. 1966 schloss die Werft die erste Betankung eines Atom-U-Boots, USS Skipjack (SSN-585), ab und begann mit der ersten Überholung eines Flotten-U-Boots mit ballistischen Flugkörpern (FBM), USS Thomas A. Edison (SSBN-610). Die Arbeiten zur Vertiefung des Trockendocks Nr. 2 begannen, um die massiven, mit Sonar ausgestatteten FBM-U-Boote und -Zerstörer abfertigen zu können.“
Die Anlage blieb während des gesamten Kalten Krieges als Heimathafen zahlreicher Kreuzer, Zerstörer, Angriffs-U-Boote, FBM-U-Boote, Zerstörer-Tender und U-Boot-Tender der US-Atlantikflotte bis zu ihrer Schließung in den 1990er Jahren als Folge des Endes des Kalten Krieges und der anschließenden Maßnahmen der BRAC-Kommission eine wichtige Einrichtung.