Esta subsecção da secção ‘Função’ fornece informações relevantes para os cofactores. Um cofactor é qualquer substância não proteica necessária para que uma proteína seja cataliticamente activa. Alguns cofactores são inorgânicos, como os átomos de metal zinco, ferro e cobre em vários estados de oxidação. Outros, como a maioria das vitaminas, são orgânicos.
Cofactores são geralmente ligados firmemente a locais activos, ou podem ligar-se frouxamente com a enzima. Eles também podem ser importantes para a integridade estrutural, ou seja, se eles não estiverem presentes, a enzima não dobra corretamente ou se torna instável.
A subseção ‘Cofactor’ é usada quando íons e outros ligandos pequenos se ligam à enzima. Estas moléculas do cofactor são mapeadas para identificadores ChEBI. No caso de multímeros, os cofactores podem ser ligados a apenas uma subunidade da enzima ou à interface. No primeiro caso, o cofactor é apenas anotado para a subunidade à qual se liga.
Substratos para uma reacção (NAD, FAD, ATP) que estão listados na subsecção de actividade catalítica não estão listados como cofactores, com excepção dos raros casos em que uma enzima liga o mesmo tipo de molécula como um substrato num local e como um cofactor noutros locais.
As seguintes substâncias não são consideradas como cofactores:
– Substâncias ubíquas como a água não são consideradas como cofactores
– Iões que fazem parte de domínios de ligação de metais bem descritos, tais como EF-hands.
Quando moléculas alternativas podem agir como cofactores no mesmo local, elas são listadas em um bloco de anotação ‘Cofactor’. Apenas moléculas que permitem mais de 50% da atividade máxima são mencionadas, enquanto outras podem ser mencionadas no campo “Nota”.
Exemplos: P00918, G3XD94
Quando a estequiometria precisa de um cofactor é conhecida, isto é indicado no campo “Nota”. Nesses casos, apenas um bloco de anotação “Cofactor” é criado.
Exemplo: Q90240
Quando uma enzima liga cofactores quimicamente diferentes em locais diferentes, existe um bloco de anotação ‘Cofactor’ para cada local.
Exemplo: P38289
Quando uma enzima liga um cofactor através de uma ligação covalente, o nome do composto é indicado em ‘Cofactor’, enquanto o nome da modificação é descrito em Modificações pós-tradução (Resíduo modificado).
Exemplos: P9WP55, B3QM53
Se houver informação de cofactor específico de isoforma ou de cadeia, haverá blocos de anotação ‘Cofactor’ separados para cada isoforma ou cadeia.
Exemplos: O15304, P26662
Se for comprovado que um cofactor não é necessário para a actividade, ou demasiado complexo para ser descrito com ChEBI, é possível ter um bloco de anotação ‘Cofactor’ constituído apenas por uma “Nota”.
Exemplos: A9CEQ7, Q9F1R6