IcosahedralEdit
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A estrutura icosaédrica é extremamente comum entre os vírus. O icosaedro é constituído por 20 faces triangulares delimitadas por 12 vértices quíntuplos e consiste em 60 unidades assimétricas. Assim, um vírus icosaédrico é feito de subunidades de proteína 60N. O número e disposição dos capsômeros de um capídeo icosaédrico pode ser classificado usando o “princípio da quase-equivalência” proposto por Donald Caspar e Aaron Klug. Tal como o poliedro Goldberg, uma estrutura icosaédrica pode ser considerada como sendo construída a partir de pentamers e hexameres. As estruturas podem ser indexadas por dois inteiros h e k, com h ≥ 1 {\i1}displaystyle h\iq 1
e k ≥ 0 {\displaystyle k\geq 0}
; a estrutura pode ser pensada como tomando h passos a partir da borda de um pentamer, girando 60 graus no sentido anti-horário, depois tomando k passos para chegar ao próximo pentamer. O número de triangulação T para o pentagrama é definido como: T = h 2 + h ⋅ k + k 2 {\displaystyle T=h^{2}+h\cdot k+k^{2}}
Neste esquema, os capitéis icosaédricos contêm 12 pentamers mais 10(T – 1) hexamers. O número T é representativo do tamanho e complexidade dos capitéis. Exemplos geométricos para muitos valores de h, k e T podem ser encontrados em List of geodesic polyhedra and Goldberg polyhedra.
Excepções a esta regra existem: Por exemplo, os poliomavírus e papilomavírus têm pentamers em vez de hexamers em posições hexavalentes em uma malha quase T=7. Membros da linhagem dupla de vírus RNA, incluindo reovírus, rotavírus e bacteriófagos φ6 têm capsids construídos de 120 cópias da proteína capsid, correspondendo a um capsid “T=2”, ou indiscutivelmente um capsid T=1 com um dímero na unidade assimétrica. Da mesma forma, muitos vírus pequenos têm um capsid pseudo-T=3 (ou P=3), que é organizado de acordo com uma malha T=3, mas com polipéptidos distintos ocupando as três posições quase equivalentes
T-números podem ser representados de diferentes maneiras, Por exemplo, T = 1 só pode ser representado como um icosaedro ou um dodecaedro e, dependendo do tipo de quase-simetria, T = 3 pode ser apresentado como um dodecaedro truncado, um icosidecaedro ou um icosaedro truncado e seus respectivos duplos um icosaedro triakis, um triacontato rômbico ou um dodecaedro pentakis.
ProlateEdit
Um icosaedro alongado é uma forma comum para as cabeças de bacteriófagos. Tal estrutura é composta por um cilindro com uma tampa em cada extremidade. O cilindro é composto por 10 faces triangulares alongadas. O número Q (ou Tmid), que pode ser qualquer número inteiro positivo, especifica o número de triângulos, compostos de subunidades assimétricas, que compõem os 10 triângulos do cilindro. As tampas são classificadas pelo número T (ou Tend).
A bactéria E. coli é o hospedeiro do bacteriófago T4 que tem uma estrutura de cabeça alongada. A proteína bacteriófaga codificada gp31 parece ser funcionalmente homóloga à proteína E. coli chaparone GroES e capaz de a substituir na montagem de viriões bacteriófagos T4 durante a infecção. Tal como o GroES, o gp31 forma um complexo estável com a chaperonina GroEL que é absolutamente necessária para a dobragem e montagem in vivo da proteína T4 do bacteriófago gp23 do capsid maior.
HelicalEdit
Muitos vírus de plantas em forma de vara e filamentosos têm capsidos com simetria helicoidal. A estrutura helicoidal pode ser descrita como um conjunto de n hélices moleculares 1-D relacionadas por uma simetria axial de n vezes. A transformação helicoidal é classificada em duas categorias: sistemas helicoidais unidimensionais e bidimensionais. A criação de uma estrutura helicoidal inteira depende de um conjunto de matrizes translacionais e rotacionais que são codificadas no banco de dados de proteínas. A simetria helicoidal é dada pela fórmula P = μ x ρ, onde μ é o número de unidades estruturais por volta da hélice, ρ é o aumento axial por unidade e P é o passo da hélice. Diz-se que a estrutura é aberta devido à característica de que qualquer volume pode ser fechado pela variação do comprimento da hélice. O vírus helicoidal mais compreendido é o vírus do mosaico do tabaco. O vírus é uma molécula única de (+) RNA do fio. Cada proteína da capa no interior da hélice liga três nucleotídeos do genoma do RNA. Os vírus da gripe A diferem por conterem múltiplas ribonucleoproteínas, a proteína NP viral organiza o RNA em uma estrutura helicoidal. O tamanho também é diferente; o vírus do mosaico do tabaco tem 16,33 subunidades de proteína por volta helicoidal, enquanto o vírus da gripe A tem um laço de cauda de 28 aminoácidos.