A amígdala compreende múltiplos subnúcleos que recebem entrada, direta ou indiretamente, de todos os sistemas sensoriais. Grandes conexões recíprocas com a ínsula são relevantes para a interceptação e consciência emocional no homem.
Estudos de lesão demonstram que a amígdala subserva o paradigma clássico do condicionamento do medo, nos animais e no homem. A neurociência moderna promete uma compreensão detalhada dos mecanismos nos animais. No homem, lesões raras da amígdala estão associadas a uma perda tanto da experiência subjetiva do medo quanto da capacidade de detectar expressões de medo por outros. Além disso, há um comprometimento da cognição social e da tomada de decisões.
A imagem do cérebro no homem confirmou que o medo pode ser registrado subliminarmente e independentemente de outros sinais não emocionais: assim, uma expressão de medo é processada independentemente do reconhecimento facial. A experiência de medo proeminente em um distúrbio psiquiátrico implica necessariamente na amígdala. As drogas que aumentam a serotonina no cérebro têm ações precoces na redução das respostas neuronais na amígdala.