Jižní Dakota se rozlohou něco málo přes 77 000 km2 řadí do největší třetiny států podle rozlohy. V tomto řídce osídleném státě žije jen asi 10 lidí na čtvereční míli, což nabízí nedostatek přírodních scenérií a divokého terénu. Topografie Jižní Dakoty je velmi různorodá, od mírně zvlněných plání přes hluboká říční údolí až po pusté kopce a zalesněné hory, což návštěvníkům umožňuje prozkoumat poměrně rozmanitou krajinu.
Velké pláně
Obrovské Velké pláně Severní Ameriky se táhnou od východu na západ od Appalačského pohoří po Skalisté hory a od jihu na sever od Mexika po Arktidu a pokrývají části 10 států a tří kanadských provincií. Velké pláně jsou technicky vzato náhorní plošinou, vyvýšeným, ale převážně rovinatým terénem. Tyto polosuché pastviny pokrývají téměř tři čtvrtiny území Jižní Dakoty a v některých oblastech, zejména směrem k západní části státu, se lámou v butty – strmé kopce s plochými vrcholy.
Řeční údolí
Na severovýchodě státu tvoří řeka Red River hranici Jižní Dakoty s Minnesotou. Území přiléhající k této řece leží v nadmořské výšce kolem 1 000 stop, což je nižší nadmořská výška než na okolních náhorních plošinách Velkých plání. Středem východní části Jižní Dakoty protéká na jih řeka James a úrodné údolí lemující její břehy činí z tohoto úzkého pruhu země nejproduktivnější zemědělskou oblast ve státě. Nadmořská výška se zde pohybuje od 1 300 do 1 400 metrů, což je více než v údolí Červené řeky, ale stále méně než v okolních Velkých pláních. Údolí protékané řekou Missouri je široké pouze jednu míli a je velmi úzké; proto se mu říká Missourský příkop. Podél okrajů tohoto příkopu se prudce zvedají 300 až 600 stop vysoké útesy.
The Badlands
Série hřbetů a kopulovitých kopců známých jako Badlands pokrývá 2000 čtverečních mil podél západního okraje Velkých plání v Jižní Dakotě. V této pusté, drsné krajině roste jen velmi málo vegetace. Kdysi zde žily exotické druhy zvířat, například velbloudi a šavlozubí tygři, a dnes je velká část Badlands součástí chráněného národního parku Badlands.
Black Hills
Na západ od Badlands se rozkládají Black Hills na hranici s Wyomingem. Na rozdíl od Badlands však tyto kopulovité hory pokrývají lesy, které tvoří národní les Black Hills. Do jednoho z jejich skalnatých výběžků je vytesána proslulá hora Rushmore. Nedaleko středu pohoří se do výšky 7 242 m tyčí vrchol Harney Peak, který je nejen nejvyšším bodem Jižní Dakoty, ale také nejvyšším bodem Spojených států na východ od Skalistých hor.