Státní věznice New Jersey je komplex, který se skládá ze tří samostatných, ale vzájemně propojených fyzických zařízení ze tří různých období výstavby věznic, které se na tomto pozemku uskutečnily. Těmito třemi částmi jsou vězeňský dům z roku 1798, pevnostní věznice z roku 1832 a současné vězeňské zařízení z roku 1982.
Vězeňský dům NJ z roku 1798, který byl první státní věznicí v New Jersey a třetí v zemi po věznici na Walnut Street ve Filadelfii a Newgate v New Yorku, je také nejstarší stále fungující budovou jako součást aktivní, fungující věznice ve Spojených státech. Díky tomu si NJSP může nárokovat titul nejstarší nepřetržitě fungující státní věznice v USA. Jedinou dochovanou částí vězeňského domu z roku 1798 je původní přední dům, který původně fungoval jako obytné prostory pro správce státní věznice, čtyři pomocníky správce (první čtyři muži, kteří sloužili ve funkci, jež je dnes známá jako státní dozorci), zbrojnice, administrativní kancelářské prostory v prvním patře a řada cel pro umístění nepořádných vězňů v suterénu. Vzhledem k tomu, že penitenciární dům přestal ubytovávat vězně během několika let po otevření pevnostní věznice v roce 1832, může si Auburn Correctional Facility činit nárok na nejstarší nepřetržitě fungující celu v USA.
Po dokončení a přemístění vězňů z Penitentiary House do nového areálu Fortress Penitentiary navrženého Johnem Havilandem v roce 1836 sloužil objekt z roku 1798 střídavě jako vězeňské zařízení okresu Mercer během výstavby jejich Workhouse v Titusville, NJ, a poté jako státní arzenál až do roku 1929, kdy bylo veškeré vybavení a služby Národní gardy, které zde sídlily, přemístěny na nově dokončenou základnu ANG v Sea Girt, načež byla kontrola nad prázdným areálem vrácena státní věznici. V roce 1930 byly všechny budovy Penitentiary House zbourány s výjimkou Front House, který byl přestavěn na rezidenci pro dozorce státní věznice, k čemuž je určen dodnes. Vyčištěný pozemek, na němž dříve stály cely a budovy obchodů vězeňského domu, byl obehnán 22 stop vysokou železobetonovou zdí a v roce 1930 otevřen jako Velký dvůr. Tento nový velký rekreační dvůr ulehčil stísněným podmínkám uvnitř zdí hlavního areálu, který měl do té doby jen omezený prostor pro venkovní rekreaci.
Druhá nejstarší část státní věznice v New Jersey, věznice Fortress Penitentiary, byla postavena v letech 1832-1836, kdy sem byli přesunuti vězni z vedlejšího Penitentiary House. Zařízení z roku 1832 bylo postaveno na přilehlém pozemku, který již vlastnil stát a kontroloval Penitentiary House, pod dohledem správce státní věznice a během čtyř let výstavby využívalo práce vězňů. V důsledku toho je komplex Fortress Penitentiary z roku 1836 považován za přístavbu ke stávající státní věznici na tomto pozemku. Toto tvrzení je platné, protože oba komplexy koexistovaly na stejném pozemku a byly spravovány a kontrolovány Správcem jako vězeňský komplex, ve kterém pracovali a byli ubytováni stejní vězni. Vzhledem k tomu, že státní věznice je dnes provozována jako jednotný komplex složený ze samostatných odlišných komplexů, je tento závěr obhajitelný.
Ve své magisterské práci z roku 1917, publikované pod názvem „History of the Penal, Reformatory and Correctional Institutions of New Jersey“, publikoval zesnulý Dr. Harry Elmer Barnes, významný americký historik, historii a analýzu dosavadních státních věznic, polepšoven a nápravných zařízení v NJ. Jeho práce byla analýzou uplatňování různých trestních filozofií a jejich úspěchů, neúspěchů a změn od roku 1798 do roku 1917. V této práci rozdělil trestnici Penitentiary House a trestnici Fortress Penitentiary z roku 1832 do dvou „systémů“. Termín „systém“, jak jej použil Dr. Barnes, byl v té době používán stejně, jako dnes používáme „paradym“ – jeho „První vězeňský systém v NJ“ aplikovaný na Penitentiary House a „Druhý vězeňský systém v NJ“ aplikovaný na zařízení z roku 1832 nepopisoval dvě samostatné věznice ani neoznačoval dvě samostatné vězeňské agentury.
Jednalo se o historii a popis přechodu New Jersey od kongregačního systému věznění, kdy byly všechny osoby bez ohledu na věk, pohlaví nebo duševní stav jednoduše uzavřeny v Penitentiary House, k pennsylvánskému systému věznění, který spočíval v držení vězňů v jednotlivých celách, zcela izolovaných od ostatních vězňů a dozorců. Pravomoci a řízení Státní věznice jako agentury se nezměnily – Strážce jako vedoucí agentury dohlížel na Penitenciární dům, dohlížel a podílel se na práci vězňů při stavbě Pevnostní věznice v letech 1832-1836 a dohlížel na přesun všech vězňů ze starého do nového komplexu v roce 1836 a pokračoval v novém komplexu. Tato výstavba, přesun a pokračování provozu z jedné strany pozemku na druhou poskytuje spojení mezi starým a novým komplexem a dokládá, že státní věznice v New Jersey existovala a nepřetržitě fungovala na stejném místě od roku 1798. Dr. Barnes tedy popsal změnu trestní teorie a praxe, nikoli zrušení starých budov a řídícího orgánu a nahrazení novým. K žádnému přerušení provozu ani řízení nedošlo.
Zařízení z roku 1832 bylo v průběhu 19. století několikrát rozšířeno, přičemž v letech 1859-1907 přibyla nová křídla a také větší budovy Shop Hall. V letech 1895-96, kdy bylo postaveno 6. křídlo, byly původní zdi rozšířeny až k rohům starého komplexu Penitentiary House, aby uzavřely toto křídlo i novější budovu Shop Hall, která se dosud nacházela mimo hlavní zdi.
Trest smrti byl přesunut z okresních věznic do NJ State Prison v roce 1907, kdy byla vykonána první poprava pomocí nového elektrického křesla, které postavil Carl Adams z Trentonu v dílnách své Adams Electric Company. Poslední poprava elektrickým proudem se uskutečnila v roce 1963. V roce 1979 byl Dům smrti (8. křídlo) spolu se starým nemocničním křídlem zbourán, aby uvolnil místo nové tělocvičně.
Základ pro současný objekt byl položen v roce 1979 a dokončen byl v roce 1982. Od té doby nebyly provedeny žádné přístavby.