Separatisté, také nazývaní nezávislí, některý z anglických protestantů v 16. a 17. století, kteří se chtěli oddělit od vnímané zkaženosti anglikánské církve a vytvořit nezávislé místní církve. Separatisté měli v Anglii největší politický vliv v době Commonwealthu (1649-60) za lorda protektora Olivera Cromwella, který byl sám separatistou. Následně přežili represe a postupně se stali v Anglii významnou náboženskou menšinou.
Základním přesvědčením separatistů byla myšlenka „shromážděné církve“ založené Duchem svatým, nikoli člověkem nebo státem. Separatisté věřili, že praví křesťanští věřící by měli vyhledávat další křesťany a společně vytvářet své sbory, a zdůrazňovali právo a odpovědnost každého sboru rozhodovat o svých vlastních záležitostech, aniž by tato rozhodnutí musel podřizovat úsudku nějaké vyšší lidské autority. Toto pojetí stálo v protikladu k teritoriálnímu základu anglikánské církve, v níž byl každý člověk na určitém území přiřazen k farní církvi a každá místní farnost se podřizovala dohledu větší církevní hierarchie.
Separatistické hnutí bylo v Anglii zpočátku nezákonné a mnoho jeho stoupenců bylo státem i církví pronásledováno. Mnozí separatisté byli často označováni za zrádce a uprchli z Anglie do tolerantnějších zemí. Jedna taková skupina odešla z Anglie do Holandska v roce 1608 a v roce 1620 se někteří z nich, Poutníci, slavně usadili v Plymouthu ve státě Massachusetts. Plymouthští separatisté spolupracovali s puritány, kteří v roce 1630 osídlili kolonii v Massachusettském zálivu. Ačkoli puritáni původně doufali, že očistí a reformují anglikánskou církev, v Nové Anglii přijali kongregační formu církevní správy, kterou zavedli poutníci. Z církví separatistů a puritánů se tak stali kongregacionalisté ve Spojených státech.