Francouzská invaze do Španělska v roce 1808 vyvolala výbuch loajality vůči králi a zemi a vzbudila vážné obavy o církev. Hluboké granadské znepokojení nad osudem říše a protichůdné kroky, které se pokoušeli podniknout koloniální a poloostrovní poddaní kvůli kontrole vlády během zajetí španělského krále Ferdinanda VII. vedly ke sporům v Nové Granadě a k vyhlášení nezávislosti. V roce 1810 podřízené jurisdikce v Nové Granadě vyhnaly své španělské úředníky, s výjimkou Santa Marty, Ríohachy a dnešní Panamy a Ekvádoru. Povstání v Bogotě 20. července 1810 se v Kolumbii připomíná jako Den nezávislosti, ačkoli tyto nové vlády přísahaly věrnost Ferdinandovi VII. a nezávislost začaly vyhlašovat až v roce 1811. Idealisté a ambiciózní provinční vůdci si přáli federaci. Kreolští vůdci usilovali o centralizaci moci nad novými vládami. Následovala řada občanských válek, které v letech 1814-1816 usnadnily španělské znovudobytí Spojených provincií Nové Granady. Zbytek republikánských sil uprchl do llanos Casanare, kde se reorganizoval pod vedením Francisca de Paula Santandera, kolumbijského generála, který zůstal významnou osobností granadské politiky až do své smrti v roce 1840.
Jakákoli zbývající loajalita ke koruně byla odcizena trestající svévolí evropských a partyzánských jednotek, jejichž činy daly za pravdu útoku na španělskou civilizaci, který začal koncem roku 1810 a pokračoval po celé 19. století. Povstalecké síly v Casanare se spojily se silami Simóna Bolívara v povodí Orinoka ve Venezuele. V roce 1819 byly dokončeny přípravy na vytvoření regulérní vlády a v Angostuře (dnes Ciudad Bolívar ve Venezuele) se sešel ústavodárný konvent s delegáty z Casanare a některých venezuelských provincií. V témže roce Bolívar vtrhl do Kolumbie a 7. srpna u Boyacá rozhodujícím způsobem porazil španělská vojska. Následovala rozhodující bitva u Carabobo ve Venezuele v roce 1821 a bitva u Pichinchy v Ekvádoru v roce 1822. Vyrovnávací operace byly dokončeny v roce 1823, zatímco Bolívar vedl svá vojska dále do Peru.
Angosturský kongres položil základy pro vznik Kolumbijské republiky (1819-30), která byla obecně známá jako Gran Colombia, protože zahrnovala dnešní samostatné země Kolumbii, Panamu, Venezuelu a Ekvádor. Republika byla definitivně uspořádána na kongresu v Cúcutě v roce 1821. Předtím byla vláda vysoce vojenská a hierarchicky organizovaná, přičemž regionální viceprezidenti vykonávali přímou moc, zatímco její prezident Bolívar vedl volební kampaň. Republika, organizovaná jako centralizovaná zastupitelská vláda, si ponechala Bolívara jako prezidenta a úřadujícího prezidenta Santandera jako viceprezidenta.
Gran Colombia měla krátkou, válečnou existenci. Následné civilní a vojenské soupeření o veřejné funkce a regionální řevnivost vedly v roce 1826 k povstání ve Venezuele, které vedl generál José Antonio Páez. Bolívar se vrátil z Peru, aby obnovil jednotu, ale zajistil si pouze uznání své osobní autority. Jak se nespokojenost šířila, bylo jasné, že žádná skupina nemiluje republiku natolik, aby bojovala za její existenci. Do roku 1829 Bolívar rozdělil zemi do čtyř jurisdikcí pod vedením venezuelských generálů, kteří měli civilní a vojenskou moc. Mezitím se Ocaňskému sjezdu nepodařilo republiku reorganizovat a krátká Bolívarova diktatura (1828-30) neměla o nic lepší úspěch. Bolívar poté svolal Konvent v roce 1830, který vytvořil ústavu ctěnou pouze v Nové Granadě (název se tehdy vztahoval pouze na Kolumbii s Panamským průlivem). Během tohoto sjezdu Bolívar rezignoval a odjel na severní pobřeží, kde 17. prosince 1830 poblíž Santa Marty zemřel. V té době se již Venezuela a Ekvádor od Gran Kolumbie oddělily. Nová Granada, země s 1,5 milionu obyvatel v roce 1835, zůstala sama.
Robert Louis Gilmore