Provoz zahájila v roce 1901 jako suchý dok a jako zařízení námořnictva sloužila až do roku 1996, kdy byl její provoz ukončen na základě doporučení Komise pro přerozdělení a uzavření základen z roku 1993. V té době byla pronajata společnosti Detyens Shipyards, Inc.
Původně byla označována jako Navy Yard a později jako Naval Base a měla velký vliv na místní komunitu, oblast tří hrabství a celý stát Jižní Karolína.
Jednotka nejprve vyráběla torpédoborec USS Tillman (DD-135), ve 30. letech 20. století pak začala výrobu zvyšovat. Celkem bylo v tomto námořním zařízení smontováno 21 torpédoborců.
V roce 1931 dodala společnost Ellicott Dredges 20palcový kutrový bagr Orion, který byl stále v provozu ve staré charlestonské námořní loděnici.
Dvě z největších plavidel, která kdy byla v loděnici postavena, byly dva torpédoborce USS Tidewater (AD-31) a USS Bryce Canyon (AD-36). Kýly těchto lodí byly položeny v listopadu 1944, respektive v červenci 1945. Nejvyššího počtu zaměstnanců 25 948 bylo dosaženo v červenci 1943.
Po válce byla loděnice zodpovědná za opravy a úpravy zajatých německých ponorek. V dubnu 1948 sdělil ministr námořnictva John L. Sullivan zástupci Charlestonu Riversovi a senátorovi Burnetu R. Maybankovi, že námořnictvo plánuje, že se CNSY stane loděnicí pro generální opravy ponorek a bude žádat o počáteční prostředky na jednotku pro nabíjení baterií.
První ponorka, USS Conger (SS-477), dorazila na generální opravu v srpnu 1948. Loděnice očekávala, že během roku opraví asi 132 lodí, a její pracovní síla se ustálila na téměř 5 000 osob.
Severokorejská invaze do Jižní Koreje v červnu 1950 opět zvýšila výrobu. V roce 1951 měla loděnice opět více než 8 000 zaměstnanců. Celkem loděnice během korejské války aktivovala čtyřicet čtyři plavidel a dvacet sedm jich přestavěla pro aktivní službu ve flotile.
V šedesátých letech pokračovala stavba ponorek spolu s raketami a probíhaly generální opravy jaderných ponorek včetně USS Scorpion (SSN-589) v roce 1962. V roce 1966 loděnice dokončila první opravu jaderné ponorky USS Skipjack (SSN-585) a zahájila první generální opravu ponorky s balistickými raketami (FBM) USS Thomas A. Edison (SSBN-610). Byly zahájeny práce na prohloubení suchého doku č. 2, aby mohl přijímat mohutné ponorky FBM a torpédoborce vybavené sonarem.“
Zařízení zůstalo významným zařízením po celou dobu studené války jako domovský přístav mnoha křižníků, torpédoborců, útočných ponorek, ponorek FBM, torpédoborců a ponorkových tendrů Atlantické flotily USA až do svého uzavření v 90. letech 20. století v důsledku konce studené války a následného opatření komise BRAC.