Covering an area of 180,560 sq. km, se stát Missouri nachází v centrální neboli středozápadní oblasti Spojených států amerických.
Díky své poloze na východním okraji Velkých rovin Severní Ameriky je většina Missouri úrodnou prérií rozčleněnou řekami a potoky. Jižně od řeky Missouri v západní a střední části Missouri se nachází Osage Plains, která se rozkládá na hranicích s Kansasem, Iowou a Nebraskou. Osage Plains je smíšená prérijní krajina s vysokou trávou a tvoří ji také roztroušené lesy.
Jak je patrné z mapy, zabírá Ozark Plateau (pokrývá také části Arkansasu, Illinois, Kansasu a Oklahomy) velkou část krajiny v jižních oblastech Missouri. Náhorní plošina je krásná oblast s hustě zalesněnými kopci a nízkými horami a také s jeskyněmi, jezery a řekami.
V jihovýchodní části Missouri stojí pohoří St Francois, které obsahuje nejvyšší bod na území státu. Hora Taum Sauk, na mapě označená vztyčeným žlutým trojúhelníkem, se tyčí do výšky 1 772 stop (540 m). Nejnižší bod Missouri, vyznačený na mapě obráceným žlutým trojúhelníkem, se nachází podél řeky Svatý František v oblasti „Boot Heel“ s výškou 230 m; na jihovýchodní hranici s Arkansasem.
Státem Missouri protékají dvě nejvýznamnější americké řeky – Mississippi, která tvoří celou východní hranici státu, a řeka Missouri, která stát rozděluje téměř napůl. Státem protéká mnoho dalších řek (přítoků Mississippi a Missouri) a nespočet potoků obohacuje zemědělskou půdu.
Mezi významná jezera v Missouri (mnohá vznikla přehrazením řek) patří jezero Ozarks, jezero Table Rock, jezero Stockton, jezero Clearwater, jezero Wappapello, Trumanova nádrž a jezero Bull Shoals na jižní hranici s Arkansasem.
Jezerní systém v Missouri se rozkládá na několika místech.