Tato podsekce oddílu „Funkce“ poskytuje informace týkající se kofaktorů. Kofaktor je jakákoli nebílkovinná látka potřebná k tomu, aby byl protein katalyticky aktivní. Některé kofaktory jsou anorganické, například atomy kovů zinku, železa a mědi v různých oxidačních stavech. Jiné, například většina vitaminů, jsou organické.
Kofaktory jsou obvykle buď pevně vázány na aktivní místa, nebo se mohou s enzymem vázat volně. Mohou být také důležité pro strukturní integritu, tj. pokud nejsou přítomny, enzym se správně neskládá nebo se stává nestabilním.
Podsekce „Kofaktor“ se používá, když se na enzym vážou ionty a jiné malé ligandy. Tyto molekuly kofaktorů jsou mapovány na identifikátory ChEBI. V případě multimerů mohou být kofaktory vázány buď pouze na jednu podjednotku enzymu, nebo na rozhraní. V prvním případě je kofaktor anotován pouze pro podjednotku, na kterou se váže.
Substráty pro reakci (NAD, FAD, ATP), které jsou uvedeny v podsekci Katalytická aktivita, nejsou uvedeny jako kofaktory, s výjimkou vzácných případů, kdy enzym váže stejný typ molekuly jako substrát na jednom místě a jako kofaktor na jiných místech.
Následující látky se nepovažují za kofaktory:
– Všudypřítomné látky, jako je voda, se nepovažují za kofaktory
– Ionty, které jsou součástí dobře popsaných domén vázajících kovy, jako jsou EF-ruce.
Pokud mohou alternativní molekuly působit jako kofaktory na stejném místě, jsou uvedeny v jednom anotačním bloku „Cofactor“. Uvedeny jsou pouze molekuly, které umožňují více než 50 % maximální aktivity, zatímco ostatní mohou být uvedeny v poli „Poznámka“.
Příklady: P00918, G3XD94
Pokud je známa přesná stechiometrie kofaktoru, uvede se v poli „Poznámka“. V takových případech se vytvoří pouze jeden anotační blok „Cofactor“ (Kofaktor).
Příklad: Q90240
Když enzym váže na různých místech chemicky odlišné kofaktory, je pro každé místo vytvořen jeden anotační blok „Cofactor“.
Příklad: P38289
Když enzym váže kofaktor prostřednictvím kovalentní vazby, je název sloučeniny uveden v části „Kofaktor“, zatímco název modifikace je popsán v části „Posttranslační modifikace (Modifikovaný zbytek)“.
Příklad: P9WP55, B3QM53
Pokud jsou informace o kofaktoru specifické pro isoformu nebo řetězec, budou pro každou isoformu nebo řetězec uvedeny samostatné anotační bloky „Cofactor“ (Kofaktor).
Příklad:
Příklady: O15304, P26662
Pokud se ukáže, že kofaktor není pro aktivitu nutný nebo je příliš složitý na to, aby mohl být popsán pomocí ChEBI, je možné mít anotační blok „Kofaktor“ sestávající pouze z „Poznámky“.
Příklady: O15304, P26662
Pokud se ukáže, že kofaktor není pro aktivitu nutný nebo je příliš složitý na to, aby mohl být popsán pomocí ChEBI, je možné mít anotační blok „Kofaktor“ sestávající pouze z „Poznámky“: PŘÍKLADY: A9CEQ7, Q9F1R6
.