Reakce částic s aglutininem se používá k označení současného nebo minulého kontaktu hostitele s patogenem . Hostitel infikovaný patogenem produkuje protilátky k neutralizaci patogenu. V důsledku toho krev hostitele aplikovaná na diagnostickou soupravu způsobuje agregaci patogenních částic v důsledku interakce antigen-aglutinin. Aglutinaci lze naopak použít také k identifikaci nových bakterií nebo buněk se specifickým antigenem jejich vystavením séru obsahujícímu známé aglutininy.
Aglutinace s použitím krevních aglutininů známých jako hemaglutininy se používá diagnosticky k identifikaci krevních typů lidí na základě reakce mezi antigeny erytrocytů (červených krvinek) a aglutininy. Lidské erytrocyty mají dva hlavní typy antigenů (antigen A a B) exprimované v různých kombinacích, takže vznikají buď erytrocyty, které exprimují pouze antigen A, antigen B, antigen A a B společně, nebo žádný antigen. Když jsou erytrocyty vystaveny působení hemaglutininů (protilátek anti-A a anti-B), ty, které exprimují antigen A nebo B, se při kontaktu s hemaglutininy anti-A, resp. anti-B srážejí. Erytrocyty exprimující oba antigeny se srážejí při kontaktu s hemaglutininy anti-A nebo anti-B, zatímco ty, které neexprimují žádný antigen, se při kontaktu s žádným hemaglutininem nesrážejí. Tato technika slouží jako rychlá a účinná metoda k určení krevní skupiny osoby a je nezbytná v případech, kdy je třeba rychle provést transfuzi krve za účelem doplnění ztracené krve.
.