Iniciace
Eukaryotická DNA se váže na bílkoviny zvané histony a vytváří struktury zvané nukleozomy. Během iniciace je DNA zpřístupněna proteinům a enzymům zapojeným do procesu replikace. Existují specifická chromozomální místa nazývaná počátky replikace, kde replikace začíná. U některých eukaryot, jako jsou kvasinky, jsou tato místa definována specifickou sekvencí párů bází, na které se vážou iniciační proteiny replikace. U jiných eukaryot, jako je člověk, se zdá, že pro jejich počátky replikace neexistuje konsenzuální sekvence. Místo toho mohou iniciační proteiny replikace identifikovat specifické modifikace nukleozomů v oblasti počátku a vázat se na ně.
Některé proteiny rozpoznají počátek replikace a navážou se na něj a poté umožní ostatním proteinům nezbytným pro replikaci DNA navázat se na stejnou oblast. Říká se, že první proteiny, které naváží DNA, „rekrutují“ ostatní proteiny. Dvě kopie enzymu zvaného helikáza patří mezi proteiny, které se rekrutují k počátku replikace. Každá helikáza odvíjí a rozděluje šroubovici DNA na jednořetězcovou DNA. Jak se DNA rozevírá, vznikají struktury ve tvaru písmene Y, kterým se říká replikační vidlice. Protože se naváží dvě helikázy, vytvoří se v místě počátku replikace dvě replikační vidličky, které se v průběhu replikace prodlužují oběma směry a vytvářejí replikační bublinu. Na eukaryotickém chromozomu je více počátků replikace, které umožňují, aby replikace probíhala současně na stovkách až tisících míst podél každého chromozomu.
.